Zastosowanie technik genotypowania TaqMan® oraz tetra-primer ARMS-PCR do identyfikacji polimorfizmów punktowych zasocjowanych z genetycznymi determinantami kształtu korzenia marchwi - Stelmach, Katarzyna; Macko-Podgórni, Alicja; Barański, Rafał; Grzebelus, Dariusz (Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin, 2018)
W ostatnich dwóch dekadach zaobserwowano znaczący wzrost tempa rozwoju zróżnicowanych systemów markerów molekularnych oraz odpowiadających im zaawansowanych platform detekcyjnych. Markery oparte na polimorfizmach pojedynczego nukleotydu (SNP), ze względu na częstość ich występowania w genomach bardzo szybko zyskały uznanie w badaniach z zakresu hodowli molekularnej roślin. Wśród najczęściej wykorzystywanych technik genotypowania polimorfizmów pojedynczego nukleotydu znajdują się sondy TaqMan®, mikromacierze DNA, oraz technologia genotypowania przez sekwencjonowanie (GBS). W celu obniżenia kosztów genotypowania opracowano również techniki oparte na standardowej reakcji łańcuchowej polimerazy z zastosowaniem zmodyfikowanych starterów, między innymi technikę tetra-primer ARMS-PCR. W niniejszej pracy zidentyfikowano pięć markerów SNP zasocjowanych z genetycznymi determinantami kształtu korzenia spichrzowego marchwi oraz dokonano ich przekształcenia do markerów wykrywalnych przy zastosowaniu technologii TaqMan® oraz tetra-primer ARMS-PCR. Przydatność wymienionych technik zweryfikowano poprzez genotypowanie 40 wybranych odmian populacyjnych marchwi typu zachodniego. Przeanalizowano zbieżność wyników identyfikacji genotypów otrzymanych przy zastosowaniu wyżej wymienionych technik oraz metody referencyjnej GBS. Techniki te oceniono pod kątem możliwości wykorzystania ich do opracowania wiarygodnych markerów specyficznych zasocjowanych z genetycznymi determinantami kształtu korzenia marchwi.