Nowoczesne metody genotypowania DArT i GBS w hodowli gatunków roślin użytkowych

Katarzyna Pachota

k.pachota@ihar.edu.pl
Zakład Biochemii i Fizjologii Roślin, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin — Państwowy Instytut Badawczy, Radzików (Poland)

Agnieszka Niedziela


Zakład Biochemii i Fizjologii Roślin, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin — Państwowy Instytut Badawczy, Radzików (Poland)

Renata Orłowska


Zakład Biochemii i Fizjologii Roślin, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin — Państwowy Instytut Badawczy, Radzików (Poland)

Piotr T. Bednarek


Zakład Biochemii i Fizjologii Roślin, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin — Państwowy Instytut Badawczy, Radzików (Poland)

Abstrakt

Rozwój nowoczesnych metod genotypowania sprawił, że konieczne staje się ich zaprezentowanie i pokazanie potencjału, jaki niosą generowane przez nie markery DNA dla badań nad roślinami. Niniejsza praca została poświęcona omówieniu markerów DArT i SNP, przy czym w ostatnim przypadku skupiono się na markerach wykorzystujących sekwencjonowanie nowej generacji. Przedstawiono metody uzyskania w/w markerów oraz ich zastosowania w genetyce roślin użytkowych. Nacisk położono na identyfikację markerów cech użytkowych w połączeniu z mapowaniem cech ilościowych, mapowaniem asocjacyjnym i selekcją genomową.


Słowa kluczowe:

genotypowanie, DArT, Technika Diversity Array, GBS, SNP

Akbari M., Wenzl P., Caig V., Carling J., Xia L., Yang S., Uszynski G., Mohler V., Lehmensiek A., Kuchel H., Hayden M. J., Howes N., Sharp P., Vaughan P., Rathmell B., Huttner E., Kilian A. 2006. Diversity arrays technology (DArT) for high-throughput profiling of the hexaploid wheat genome. Theor. Appl. Genet. 113 (8): 1409 — 1420.
Google Scholar

Akkaya M. S., Bhagwat A. A., Cregan P. B. 1992. Length polymorphisms of simple sequence repeat DNA in soybean. Genetics 132 (4): 1131 — 1139.
Google Scholar

Adolfatto P., Davison D., Erezyilmaz D., Hu TT., Mast J., Sunayama-Morita T., Stern D. L. 2011. Multiplexed shotgun genotyping for rapid and efficient genetic mapping. Genome Res. 21 (4): 610 — 617.
Google Scholar

Asoro F., Newell M., Beavis W., Jannink J. 2011. Accuracy and Training Population Design for Genomic Selection on Quantitative Traits in Elite North American Oats. Plant Genome 4 (2): 132 — 144.
Google Scholar

Baird N. A., Etter P. D., Atwood T. S., Curey M. C., Shiver A. L., Lewis Z. A., Selker E. U., Cresko W. A., Johnson E. A. 2008. Rapid SNP Discovery and Genetic Mapping Using Sequenced RAD Markers. PLoS ONE 3 (10).
Google Scholar

Bednarek P. T., Chwedorzewska K. 2001. Markery molekularne, ich charakterystyka genetyczna oraz wybrane zastosowania w analizie genetycznej roślin. Biotechnologia 1: 9 — 34.
Google Scholar

Bednarek P. T., Orłowska R., Koebner R. M. D., Zimny J. 2007. Quantification of the tissue-culture induced variation in barley (Hordeum vulgare L.). BMC Plant Biology 7 (10).
Google Scholar

Botstein D., White R. L., Skolnick M., Davis R. W. 1980. Construction of genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphism. AJHG 32 (3): 314 — 331.
Google Scholar

Buermans H. P., den Dunnen J. T. 2014. Next generation sequencing technology: Advances and applications. Biochimica et Biophysica Acta 1842 (10): 1932 — 1941.
Google Scholar

Bus A., Hecht J., Huettel B., Reinhardt R., Stich B. 2012. High-throughput polymorphism detection and genotyping in Brassica napus using next-generation RAD sequencing. BMC Genomics 13 (281).
Google Scholar

Chen J. M., Gustafson J. P. 1995. Physical mapping of restriction fragment length polymorphisms (RFLPs) in homoeologous group 7 chromosomes of wheat by in situ hybridization. Heredity 75 (3): 225 — 233.
Google Scholar

Cronn R., Knaus B. J., Liston A., Maughan P. J., Parks M., Syring J. V., Udall J. 2012. Targeted enrichment strategies for next-generation plant biology. American Journal of Botany 99 (2): 291 — 311.
Google Scholar

Crossa J., Burgueño J., Dreisgacker S., Vargas M., Herreira-Foessel S. A., Lillempo M., Singh R. P., Trethowan R., Warburton M., Franco J., Reynolds M., Crouch J. H., Ortiz R. 2007. Association Analysis of Historical Bread Wheat Germplasm Using Additive Genetic Covariance of Relatives and Population Structure. Genetics 177 (3): 1889 — 1913.
Google Scholar

Desta Z. A., Ortiz R. 2014. Genomic selection: genome-wide prediction in plant improvement. Trends in Plant Science 19 (9): 592 — 601.
Google Scholar

Düzyaman E. 2005. Phenotypic diversity within a collection of distinct okra (Abelmoschus esculentus) cultivars derived from Turkish land races. Genetic Resources and Crop Evolution 52 (8): 1019 — 1030.
Google Scholar

Ellis M. H., Rebetzke G. J., Azanza F., Richards R. A., Spielmeyer W. 2005. Molecular mapping of gibberellin — responsive dwarfing genes in bread wheat. Theor. Appl. Genet. 111 (3): 423 — 430.
Google Scholar

Elshire R. J., Glaubitz J. C., Sun Q., Harriman J. V. 2011 a. Genotyping By Sequencing (GBS) Method Overview. http://cbsu.tc.cornell.edu/lab/doc/GBS_Method_Overview1.pdf.
Google Scholar

Elshire R. J., Glaubitz J. C., Sun Q., Poland J. A., Kawamoto K., Buckler E. S., Mitchell S. E. 2011b. A Robust, Simple Genotyping-by-Sequencing (GBS) Approach for High Diversity Species. PLoS ONE 6 (5): e19379.
Google Scholar

Fu Y.-B., Cheng B., Peterson G. W. 2013. Genetic diversity analysis of yellow mustard (Sinapis alba L.) germplasm based on genotyping by sequencing. Genetic Resources and Crop Evolution 61 (3): 579 — 594.
Google Scholar

Fu Y.-B., Peterson G. W. 2011. Genetic diversity analysis with 454 pyrosequencing and genomic reduction confirmed the eastern and western division in the cultivated barley gene pool. Plant Genome 4: 226 — 237.
Google Scholar

Grattapaglia D., Resende M. D., Resende M. R., Sansaloni C., Petroli C., Missiaggia A., Takahashi E., Zamprogno K., Kilian A. 2011. Genomic Selection for growth traits in Eucalyptus: accuracy within and across breeding populations. BMC Proc. 5 (7): 016.
Google Scholar

Hawliczek A., Stankiewicz-Kosyl M., Gawroński S. 2007. Wykorzystanie markerów SSR do molekularnej charakterystyki zasobów genowych jabłoni. Roczniki Akademii Rolniczej w Poznaniu CCCLXXXIII 41: 315 — 319.
Google Scholar

Hayward A. C., Tollenaere R., Dalton-Morgan J., Batley J. 2014. Molecular marker applications in plants. Methods Mol. Biol. 1245: 13 — 27.
Google Scholar

Heffner E. L., Jannink J.-L., Sorrells M. E. 2011. Genomic selection accuracy using multifamily prediction models in a wheat breeding program. Plant Genome 4 (1): 65 — 75.
Google Scholar

Heslot N., Rutkoski J., Poland J., Jannink J.-L., Sorrells M. E. 2013. Impact of marker ascertainment bias on genomic selection accuracy and estimates of genetic diversity. PLoS ONE 8 (9): e74612.
Google Scholar

Howard E. L., Whittock S. P., Jakše J., Carling J., Matthews P. D., Probasco G., Henning J. A., Darby P., Cerenak A., Javornik B., Kilian A. 2011. High-throughput genotyping of hop (Humulus lupulus L.) utilising diversity arrays technology (DArT). Theor. Appl. Genet. 122 (7): 1265 — 1280.
Google Scholar

Huang Y., Poland J. A., Wight C. P., Jackson E. W., Tinker N. A. 2014. Using genotyping-by-sequencing (GBS) for genomic discovery in cultivated oat. PLoS ONE 9 (7): e102448.
Google Scholar

Huttner E., Wenzl P., Akbari M., Caig V., Carling J., Cayla C., Evers M., Jaccound D., Peng K., Patarapuwadol S. 2005. Diversity Arrays Technology: A novel tool for harnessing the genetic potential of orphan crops. Conference of the World Biological Forum. UK : 145 — 155.
Google Scholar

Iquira E., Humira S., François B. 2015. Association mapping of QTLs for sclerotinia stem rot resistance in a collection of soybean plant introductions using a genotyping by sequencing (GBS) approach. BMC Plant Biology 15 (1): 1 — 12.
Google Scholar

Jaccound D., Peng K., Feinstein D., Kilian A. 2001. Diversity Arrays: a solid state technology for sequence information independent genotyping. Nucl. Acids Res. 29 (4): e25.
Google Scholar

Kilian A., Huttner E., Wenzl P., Jaccoud D., Carling J., Caig V., Evers M., Heller-Uszynska K., Uszynski G., Cayla C., Patarapuwadol S., Xia L., Yang S., Thomson B. R. 2005. The fast and the cheap: SNP and DArT-based whole genome profiling for crop improvement. Proceedings of the International Congress “In the Wake of the Double Helix: From the Green Revolution to the Gene Revolution" Avenue Media, Bolonia: 443 — 461.
Google Scholar

Knopkiewicz M., Gawłowska M., Święcicki W. 2012. Poszukiwanie polimorficznych markerów zdefinowanych sekwencyjnie w populacji grochu Carneval x MP1401. Fragm. Agron. 29 (4): 87 — 94.
Google Scholar

Liu S., Yeh C.-T., Tang H. M., Nettleton D., Schnable P. S. 2012. Gene mapping via bulked segregant RNA-Seq (BSR-Seq). PLoS One 7 (5): e36406.
Google Scholar

Lu F., Lipka A. E., Glaubitz J., Elshire R., Cherney J. H., Casler M. D., Buckler E S, E C. D. 2013. Switchgrass genomic diversity, ploidy, and evolution: novel insights from a network-based SNP discovery protocol. PLoS Genet. 9 (1): e1003215.
Google Scholar

Ly D., Hamblin M., Rabbi I., Melaku G., Bakare M., Gauch H. G., Okechukwu R., Dixon A., Kulakow P., Jannink J. 2013. Relatedness and Genotype x Environment Interaction Afecct Prediction Accuracies in Genomic Selection: A Study in Cassava. CS 53 (4): 1312 — 1325.
Google Scholar

Machczyńska J., Orłowska R., Zimny J., Bednarek P. T. 2014. Extended met AFLP approach in studies of tissue culture induced variation (TCIV) in triticale. Mol. Breed. 34 (3): 845 — 854.
Google Scholar

Mago R., Bariana H. S., Dundas I. S., Spielmeyer W., Lawrence G. J., Pryor A. J., Ellis J. G. 2005. Development of PCR markers for the selection of wheat stem rust resistance genes Sr24 and Sr26 in diverse wheat germplasm. Theor. Appl. Genet. 111 (3): 496 — 504.
Google Scholar

Magwene P. M., Willis J. H., Kelly J. K. 2011. The Statistics of Bulk Segregant Analysis Using Next Generation Sequencing. PLoS Comput. Biol. 7 (11): e1002255.
Google Scholar

Mamanova L., Coffey A. J., Scott C. E., Kozarewa I., Turner E. H., Kumar A., Howard E., Shendure J., Turner D. J. 2010. Target-enrichment strategies for next-generation sequencing. Nat. Meth. 7 (2): 111 — 118.
Google Scholar

Mardis E. R. 2008. The impact of next-generation sequencing technology on genetics. Trends in Genetics 24 (3): 133 — 141.
Google Scholar

Markert C. L., Møller F. 1959. Multiple forms of enzymes: tissue, ontogenetic, and species specific patterns. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 45 (5): 753 — 763.
Google Scholar

Meuwissen T. H. E., Hayes B. J., Goddard M. E. 2001. Prediction of Total Genetic Value using genome-wide dense marker maps. Genetics 157 (4): 1819 — 1829.
Google Scholar

Michelmore R. W., Paran I., Kessely R. V. 1991. Identification of markers linked to disease-resistance genes by bulked segregant analysis: a rapid method to detect markers in specific genomic regions by using segregating populations. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 88 (21): 9828 — 9832.
Google Scholar

Mondini L., Noorani A., Pagnotta M. A. 2009. Assessing plant genetic diversity by molecular tools. Diversity 1 (1): 19 — 35.
Google Scholar

Myśków B., Łań A., Hanek M. 2012. Wpływ sposobu zapylenia żyta na mapowanie QTL dla porastania przedżniwnego. Biul. IHAR 264: 117 — 125.
Google Scholar

Niedziela A., Bednarek P.T., Labudda M., Mańskowski D.R., Anioł A. 2014. Genetic mapping of a 7R Al. Tolerance QTL in triticale (x Triticosecale Wittmack). J. Appl. Genet. 55(1): 1 — 14.
Google Scholar

Niedziela A., Jarska W., Bednarek P. T. 2015. Wybrane elementy nowoczesnych rozwiązań wpływające na skuteczność programów. Biul. IHAR 275: 3 — 15.
Google Scholar

Poland J., Endelman J., Dawson J., Rutkoski J., Wu S., Manes Y., Dreisigacker S., Crossa J., Sanchez-Villeda H., Sorrells M. E., Jannink J. L. 2012 a. Genomic selection in wheat breeding using genotyping-by-sequencing. Plant Genome 5: 103 — 113.
Google Scholar

Poland J. A., Brown P. J., Sorrells M. E., Jannink J. L. 2012 b. Development of high-density genetic maps for barley and wheat using a novel two-enzyme genotyping-by-sequencing approach. PloS ONE 7 (2): e32253.
Google Scholar

Poland J. A., Rife T. W. 2012. Genotyping-by-Sequencing for Plant Breeding and Genetics. Plant Genome 5: 92 — 102.
Google Scholar

Pootakham W., Ruang-Areerate P., Jomchai N., Sonthirod C., Sangsrakru D., Yoocha T., Theerawattanasuk K., Nirapathpongporn K., Romruensukharom P., Tragoonrung S., Tangphatsornruang S. 2015. Construction of a high-density integrated genetic linkage map of rubber tree (Hevea brasiliensis) using genotyping-by-sequencing (GBS). Front. Plant Sci. 6 (367): 6:367.
Google Scholar

Powell W., Morgante M., Andre C., Hanafey M., Vogel J., Tingey S., Rafalski A. 1996. The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Molecular Breeding 2 (3): 225 — 238.
Google Scholar

Pritchard J. K., Stephens M., Rosenberg N. A., Donnelly P. 2000. Association mapping in structured populations. The American Journal of Human Genetics 67 (1): 170 — 181.
Google Scholar

Raman H., Raman R., Nelson M. N., Aslam M. N., Rajasekaran R., Wratten N., Cowling W. A., Kilian A., Sharpe A. G., Shondelmaier J. 2012. Diversity array technology markers: genetic diversity analyses and linkage map construction in rapeseed (Brassica napus L.). DNA Res. 19 (1): 51 — 65.
Google Scholar

Reiter R. S., Williams J., Feldman K. A., Rafalski J. A., Tingey S. V., Scolnik P. A. 1992. Global and local genome mapping in Arabidopsis thaliana by using recombinant inbred lines and random amplified polymorphic DNAs. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 89 (4): 1477 — 1481.
Google Scholar

Rheault M. E., Dallaire C., Marchand S., Zhang L., Lacroix M., Belzile F. 2007. Using DArT and SSR markers for QTL mapping of Fusarium head blight resistance in six-row barley. Plant & Animal Genome XV conference San Diego, USA.
Google Scholar

Roche 454 Sequencing. 2010. Multiplex Identifier (MID) Adaptors for Rapid Library Preparations 454 Life Sciences, Branford, CT.
Google Scholar

Rocher S., Jean M., Castonguay Y., Belzile F. 2015. Validation of Genotyping-By-Sequencing Analysis in Populations of Tetraploid Alfalfa by 454 Sequencing. PLoS ONE 10 (6): e0131918.
Google Scholar

Romay M. C., Millard M. J., Glaubitz J. C., Peiffer J. A., Swarts K. L., Casstevens T. M., Elshire R. J., Acharya C. B., Mitchell S. E., Flint-Garcia S. A., McMullen M. D., Holland J. B., Buckler E. S., Gardner C. A. 2013. Comprehensive genotyping of the USA national maize inbred seed bank. Genome Biology 14 (6): 1 — 18.
Google Scholar

Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R. 1977. DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 74 (12): 5463 — 5467.
Google Scholar

Saintenac C., Jiang D., Wang S., Akhunov E. 2013. Sequence-based mapping of the polyploid wheat genome. G3 (Bethesda) 3 (7): 1105 — 1114.
Google Scholar

Sansaloni C., Petroli C., Jaccoud D., Carling J., Detering F., Grattapaglia D., Kilian A. 2011. Diversity Arrays Technology (DArT) and next-generation sequencing combined: genome-wide, high throughput, highly informative genotyping for molecular breeding of Eucalyptus. BMC Proceedings 5 (7): 1 — 2.
Google Scholar

Sax K. 1923. The Association of Size Differences with Seed-Coat Pattern and Pigmentation in PHASEOLUS VULGARIS. Genetics 8 (6): 552 — 560.
Google Scholar

Selkoe K. A., Toonen R. J. 2006. Microsatellites for ecologists: a practical guide to using and evaluating microsatellite markers. Ecology Letters 9 (5): 615 — 629.
Google Scholar

Semagn K., Bjørnstad Å., Ndjiondjop M. 2006. An overview of molecular marker methods for plants. African Journal of Biotechnology 5 (25).
Google Scholar

Seroczyńska A., Kilian A. 2010. Technologia Dart — nowe narzędzie do analizy zmienności genetycznej. Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczch 555: 373 — 388.
Google Scholar

Shehata A. I., Al-Ghethar H. A., Al-Homaidan A. A. 2009. Application of simple sequence repeat (SSR) markers for molecular diversity and heterozygosity analysis in maize inbred lines. Saudi Journal of Biological Sciences 16 (2): 57 — 62.
Google Scholar

Shendure J., Ji H. 2008. Next-generation DNA sequencing. Nat. Biotech. 26 (10): 1135 — 1145.
Google Scholar

Sohail Q., Manickavelu A., Ban T. 2015. Genetic diversity analysis of Afghan wheat landraces (Triticum aestivum) using DArT markers. Genet. Resour. Crop Evol. 62 (8): 1147 — 1157.
Google Scholar

Sonah H., Bastien M., Iquira E., Tardivel A., Legare G., Boyle B., Normandeau E., Laroche J., Larose S., Jean M., Belzile F. 2013. An improved genotyping by sequencing (GBS) approach offering increased versatility and efficiency of SNP discovery and genotyping. PLoS ONE 8 (1): e54603.
Google Scholar

Spindel J., Wright M., Chen C., Cobb J., Gage J., Harrington S., Lorieux M., Ahmadi N., McCouch S. 2013. Bridging the genotyping gap: using genotyping by sequencing (GBS) to add high-density SNP markers and new value to traditional bi-parental mapping and breeding populations. Theor. Appl. Genet. 12: 2699 — 2716.
Google Scholar

Staub J. E., Serquen F. C., Mccreight J. D. 1997. Genetic diversity in cucumber (Cucumis sativus L.): III. An evaluation of Indian germplasm. Genetic Resour. Crop Evol. 44 (4): 315 — 326.
Google Scholar

Sztuba-Solińska J. 2005. Systemy markerów molekularnych i ich zastosowanie w hodowli roślin. Kosmos — Problemy Nauk Biologicznych 54 (2–3): 227 — 239.
Google Scholar

Tinker N. A., Kilian A., Wight C. P., Heller-Uszynska K., Wenzl P., Rines H. W., Bjørnstad Å., Howarth C. J., Jannink J.-L., Anderson J. M., Rossnagel B. G., Stuthman D. D., Sorrells M. E., Jackson E. W., Tuvesson S., Kolb F. L., Olsson O., Federizzi L. C., Carson M. L., Ohm H. W., Molnar S. J., Scoles G. J., Eckstein P. E., Bonman J. M., Ceplitis A., Langdon T. 2009. New DArT markers for oat provide enhanced map coverage and global germplasm characterization. BMC Genomics 10 (1): 1 — 22.
Google Scholar

Tomar R. S., Parakhia M. V., Patel S. V., Golakiya B. A. 2010. Molecular Markers and Plant Biotechnology. New India Publishing Agency, New Delhi.
Google Scholar

Truong H. T., Ramos A. M., Yalcin F., de Ruiter M., van der Poel H. J. A., Huvenaars K. H. J., Hogers R. C. J., van Enckevort L. J. G., Janssen A., van Orsouw N. J., van Eijk M. J. T. 2012. Sequence-Based Genotyping for Marker Discovery and Co-Dominant Scoring in Germplasm and Populations. PLoS ONE 7 (5): e37565.
Google Scholar

Uitdewilligen J. G. A. M. L., Wolters A.-M. A., D’hoop B. B., Borm T. J. A., Visser R. G. F., van Eck H. J. 2013. A Next-Generation Sequencing Method for Genotyping-by-Sequencing of Highly Heterozygous Autotetraploid Potato. PLoS ONE 8 (5): e62355.
Google Scholar

Vipin C. A., Luckett D. J., Harper J. D. I., Ash G. J., Kilian A., Ellwood S. R., Phan H. T. T., Raman H. 2013. Construction of integrated linkage map of a recombinant inbred line population of white lupin (Lupinus albus L.). Breed. Sci. 63 (3): 292 — 300.
Google Scholar

Vos P., Hogers R., Bleeker M., Reijans M., van de Lee T., Hornes M., Frijters A., Pot J., Peleman J., Kuiper M., et al. 1995. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. Nucleic Acids Res. 23 (21): 4407 — 4414.
Google Scholar

Welsh J., McClelland M. 1990. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers. Nucleic Acids Research 18 (24): 7213 — 7218.
Google Scholar

Wenzl P., Caig V., Carling J., Cayla C., Evers M., Jaccound D., Patarapuwadol A., Uszyński G., Xia L., Yang S., Huttner E., Killian A. 2004a. Diversity Arrays Technology, a novel tool for harnessing crop genetic diversity. Proceeding for the 4th International Crop Science Congress. The Regional Institute Ltd, Brisbane, Australia.
Google Scholar

Wenzl P., Carling J., Kudrna D., Jaccound D., Huttner E., Kleinhofs A., Kilian A. 2004b. Diversity Arrays Technology (DArT) for whole-genome profiling of barley. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 101 (26): 9915 — 9920.
Google Scholar

Wenzl P., Huttner E., Carling J., Xia L., Blois H., Caig V., Heller-Uszyńska K., Jaccound D., Hopper C., Aschenbrenner-Kilian G., Evers M., Hok P., Duncan M., Miller K., Uszyński G., Kilian A. 2008. Diversity Arrays Technology (DArT): A generic high-density genotyping platform. 7th International Safflower ConferenceWagga Wagga, Australia: 1— 7.
Google Scholar

Wenzl P., Li H., Carling J., Zhou M., Raman H., Paul E., Hearnden P., Maier C., Xia L., Caig V., Ovesná J., Cakir M., Poulsen D., Wang J., Raman R., Smith K. P., Muehlbauer G. J., Chalmers K. J., Kleinhofs A., Huttner E., Kilian A. 2006. A high-density consensus map of barley linking DArT markers to SSR, RFLP and STS loci and agricultural traits. BMC Genomics 7 (1): 1 — 22.
Google Scholar

Wenzl P., Raman H., Wang J., Zhou M., Huttner E., Kilian A. 2007. A DArT platform for quantitative bulked segregant analysis. BMC Genomics 8 (1): 1 — 10.
Google Scholar

Williams J. F. 1989. Optimization strategies for the polymerase chain reaction. BioTechniques 7 (7): 762 — 769.
Google Scholar

Williams J. G., Kubelik A. R., Livak K. J., Rafalski J. A., Tingey S. V. 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Research 18 (22): 6531 — 6535.
Google Scholar

Witkiewicz Z. 2005. Podstawy chromatografii, kapilarne techniki elektromigracyjne. Wydawnictwo Naukowo-Techniczne, Warszawa. 335 — 400.
Google Scholar

Wittenberg A. H. J. 2007. Genetic mapping using the Diversity Arrays Technology (DArT) — Application and validation using the whole-genome sequences of Arabidopsis thaliana and the fungal wheat pathogen Mycosphaerella graminicola. MS. Thesis. Wageningen University.
Google Scholar

Xia L., Peng K., Yang S., Wentzl P., de Vincente M. C., Fregene M., Kilian A. 2005. DArT for high-throughput genotyping of Cassava (Manihot esculenta) and its wild relatives. Theor. Appl. Genet. 110 (6): 1092 — 1098.
Google Scholar

Yang H., Tao Y., Zheng Z., Li C., Sweetingham M. W., Howieson J. G. 2012. Application of next-generation sequencing for rapid marker development in molecular plant breeding: a case study on anthracnose disease resistance in Lupinus angustifolius L. BMC Genomics 13 (1): 1 — 12.
Google Scholar

Yang S., Pang W., Ash G., Harper J., Carling J., Wenzl P., Huttner E., Zong X., Kilian A. 2006. Low level of genetic diversity in cultivated Pigeonpea compared to its wild relatives is revealed by diversity arrays technology. Theor. Appl. Genet. 113 (4): 585 — 595.
Google Scholar

Yazdani R., Yeh F. C., Rimsha J. 1995. Genomic mapping of Pinus sylvestris (L.) using random amplified polymorphic DNA markers. For Genet 2: 109 — 116.
Google Scholar

Yu H., Deng Z., Xiang C., Tian J. 2014. Analysis of diversity and linkage disequilibrium mapping of agronomic traits on B-genome of wheat. J. Genomics 2: 20 — 30.
Google Scholar

Zagalska-Neubauer M., Dubiec A. 2007. Techniki i markery molekularne w badaniach zmienności genetycznej ptaków. Notatki Ornitologiczne 48: 193 — 206.
Google Scholar

Zane L., Bargelloni L., Patarnello T. 2002. Strategies for microsatellite isolation: a review. Molecular Ecology 11 (1): 1 — 16.
Google Scholar

Zhang J., Chiodini R., Badr A., Zhang G. 2011a. The impact of next-generation sequencing on genomics. Journal of Genetics and Genomics = Yi chuan xue bao 38 (3): 95 — 109.
Google Scholar

Zhang L., Liu D., Guo X., Yang W., Sun J., Wang D., Sourdille P., Zhang A. 2011b. Investigation of genetic diversity and population structure of common wheat cultivars in northern China using DArT markers. BMC Genetics 12 (1): 1 — 11.
Google Scholar

Zhong S., Dekkers J. C., Fernando R. L., Jannink J. L. 2009. Factors affecting accuracy from genomic selection in populations derived from multiple inbred lines: a Barley case study. Genetics 182 (1): 355 — 364.
Google Scholar

Ziółkowski P., Babula-Skowrońska D., Kaczmarek M., Cieśla A., Sadowski J. 2010. Comparative sequencing of genomes: generating of INDEL and SNP genetic markers. Biotechnologia 4: 53 — 68.
Google Scholar

Pobierz


Opublikowane
06/30/2016

Cited By / Share

Pachota, K. (2016) „Nowoczesne metody genotypowania DArT i GBS w hodowli gatunków roślin użytkowych”, Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin, (279), s. 3–18. doi: 10.37317/biul-2016-0012.

Autorzy

Katarzyna Pachota 
k.pachota@ihar.edu.pl
Zakład Biochemii i Fizjologii Roślin, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin — Państwowy Instytut Badawczy, Radzików Poland

Autorzy

Agnieszka Niedziela 

Zakład Biochemii i Fizjologii Roślin, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin — Państwowy Instytut Badawczy, Radzików Poland

Autorzy

Renata Orłowska 

Zakład Biochemii i Fizjologii Roślin, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin — Państwowy Instytut Badawczy, Radzików Poland

Autorzy

Piotr T. Bednarek 

Zakład Biochemii i Fizjologii Roślin, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin — Państwowy Instytut Badawczy, Radzików Poland

Statystyki

Abstract views: 150
PDF downloads: 88


Licencja

Prawa autorskie (c) 2016 Katarzyna Pachota, Agnieszka Niedziela, Renata Orłowska, Piotr T. Bednarek

Creative Commons License

Utwór dostępny jest na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa – Na tych samych warunkach 4.0 Miedzynarodowe.

Z chwilą przekazania artykułu, Autorzy udzielają Wydawcy niewyłącznej i nieodpłatnej licencji na korzystanie z artykułu przez czas nieokreślony na terytorium całego świata na następujących polach eksploatacji:

  1. Wytwarzanie i zwielokrotnianie określoną techniką egzemplarzy artykułu, w tym techniką drukarską oraz techniką cyfrową.
  2. Wprowadzanie do obrotu, użyczenie lub najem oryginału albo egzemplarzy artykułu.
  3. Publiczne wykonanie, wystawienie, wyświetlenie, odtworzenie oraz nadawanie i reemitowanie, a także publiczne udostępnianie artykułu w taki sposób, aby każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i w czasie przez siebie wybranym.
  4. Włączenie artykułu w skład utworu zbiorowego.
  5. Wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej na platformy elektroniczne lub inne wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej do Internetu, lub innej sieci.
  6. Rozpowszechnianie artykułu w postaci elektronicznej w internecie lub innej sieci, w pracy zbiorowej jak również samodzielnie.
  7. Udostępnianie artykułu w wersji elektronicznej w taki sposób, by każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i czasie przez siebie wybranym, w szczególności za pośrednictwem Internetu.

Autorzy poprzez przesłanie wniosku o publikację:

  1. Wyrażają zgodę na publikację artykułu w czasopiśmie,
  2. Wyrażają zgodę na nadanie publikacji DOI (Digital Object Identifier),
  3. Zobowiązują się do przestrzegania kodeksu etycznego wydawnictwa zgodnego z wytycznymi Komitetu do spraw Etyki Publikacyjnej COPE (ang. Committee on Publication Ethics), (http://ihar.edu.pl/biblioteka_i_wydawnictwa.php),
  4. Wyrażają zgodę na udostępniane artykułu w formie elektronicznej na mocy licencji CC BY-SA 4.0, w otwartym dostępie (open access),
  5. Wyrażają zgodę na wysyłanie metadanych artykułu do komercyjnych i niekomercyjnych baz danych indeksujących czasopisma.

Inne teksty tego samego autora