Mapa molekularna pszenicy (Triticum aestivum L.)
Paweł Cz. Czembor
p.czembor@ihar.edu.plZakład Fitopatologii, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie (Poland)
Magdalena Radecka
Zakład Fitopatologii, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie (Poland)
Edward Arseniuk
Zakład Fitopatologii, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie (Poland)
Abstrakt
Utworzono wstępną mapę molekularną pszenicy zwyczajnej wykorzystując populację podwojonych haploidów wyprowadzonych z kombinacji krzyżówkowej odmian Liwilla i Begra. Odmiany rodzicielskie i linie potomne genotypowano stosując markery SSR i DArT. W wyniku przepro-wadzonych analiz zidentyfikowano 269 polimorficznych markerów DArT. Z 328 analizowanych markerów SSR tylko 137 było polimorficznych, a dla 103 uzyskano pełne dane o ich segregacji. Przeprowadzona analiza sprzężeń pozwoliła na przypisanie 235 markerów do 18 grup sprzężeniowych i utworzenie mapy o łącznej długości 1705cM. Nie ustalono grup sprzężeniowych dla chromosomów 1A, 7B i 4D. W przypadku 137 markerów DArT po raz pierwszy podano ich lokalizację w genomie pszenicy. Genom A otrzymanej mapy zawierał 105 markerów, genom B 78 markerów, a najmniej 52 markery przypisano do genomu D. Ostatni z wymienionych genomów zawierał liczne i rozległe przerwy między markerami na chromosomach. W przypadku pozostałych chromosomów, większość markerów była rozmieszczona w sposób nieregularny z tendencją do tworzenia skupień.
Instytucje finansujące
Słowa kluczowe:
mapa genetyczna sprzężeń, markery molekularne, pszenicaBibliografia
Akbari M., Wenzl P., Caig V., Carling J., Xia L., Yang S., Uszynski G., Mohler V., Lehmensiek A., Kuchel H., Hayden M. J., Howes N., Sharp P., Vaughan P., Rathmell B., Huttner E., Kilian A. 2006. Diversity arrays technology (DArT) for high-throughput profiling of the hexaploid wheat genome. Theor. Appl. Genet. 113: 1409 ― 1420.
Google Scholar
Arseniuk E., Czembor H. J., Sowa W., Krysiak H., Zimny J. 1995. Genotypic reaction of triticale, wheat and rye to inoculation with Stagonospora (=Septoria) nodorum under field conditions and S. nodorum and S. tritici under controlled environment. Biul. IHAR 195/196: 209 ― 246
Google Scholar
Botstein D., White R., Skolnick M., Davis R. 1980. Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. Am. J. Hum. Genet. 32: 314 ― 331.
Google Scholar
Caldwell K. S., Dvorak J., Lagudah E. S., Akhunov E., Luo M. Ch., Wolters P., Powell W. 2004. Sequence Polymorphism in Polyploid Wheat and Their D-Genome Diploid Ancestor. Genetics 167: 941 ― 947.
Google Scholar
Chao S., Sharp P. J., Worland A. J., Warham E. J., Koebner R. M. D., Gale M. D. 1989. RFLP-based genetic maps of wheat homoeologous group 7 chromosomes. Theor. Appl. Genet. 78: 495 ― 504.
Google Scholar
Chee M., Yang R., Hubbell E., Berno A., Huang X. C., Stern D., Winkler J., Lockhart D. J., Morris M. S., Fodor S. P. A. 1996. Accessing genetic information with high-density DNA arrays. Science 274: 610 ― 614.
Google Scholar
Czembor P. C., Arseniuk E., Czaplicki A., Song Q. J., Cregan P. B., Ueng P. P. 2003. QTL mapping of partial resistance in winter wheat to Stagonospora nodorum blotch. Genome 46(4): 546 ― 554.
Google Scholar
Gale M. D., Atkinson M. D., Chinoy C. N., Harcourt R. L., Jia J., Li Q. Y., Devos K. M. 1995. Genetic maps of hexaploid wheat. Proceedings of the 8th International Wheat Genetics Symposium. 20–25 July 1993, Beijing, China. Edited by Li Z. S. and Xin Z. Y. China Agricultural Scientech Press, vol. 1, pp. 29 ― 40.
Google Scholar
Góral T. 2006. Odporność odmian pszenicy ozimej na fuzariozę kłosów powodowaną przez Fusarium culmorum (W. G. Smith) Sacc. Biul. IHAR 242: 63 ― 78.
Google Scholar
Gupta P. K., Balyan H. S., Edwards K. J., Isaac P., Korzun V., Röder M., Gautier M. F., Joudier P., Schlatter A. R., Dubcovsky J., De la Pena R. C., Khairallah M., Penner G., Hayden M. J., Sharp P., Keller B., Wang R. C. C., Hardouin J. P., Jack P., Leroy P. 2002. Genetic mapping of 66 new microsatellite (SSR) loci in bread wheat. Theor. Appl. Genet. 105: 413 ― 422.
Google Scholar
Gupta P. K., Varshney R. K., Sharma P. C., Ramesh B. 1999. Molecular markers and their application in wheat breeding: a review. Plant Breeding 118: 369 ― 390.
Google Scholar
Jaccoud D., Peng K., Feinstein D., Kilian A. 2001. Diversity arrays: a solid state technology for sequence information independent genotyping. Nucleic Acids Res. 29: e25.
Google Scholar
Kammholz S. J., Campbell A. W., Sutherland M. W., Hollamby G. J., Martin P. J., Eastwood R. F., Barclay I., Wilson R. E., Brennan P. S., Shepard J. A. 2001. Establishment and characterization of wheat genetic mapping populations. Aust. J. Agric. Res. 52: 1079 ― 1088.
Google Scholar
Liu Y. G., Tsunewaki K. 1991. Restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis in wheat. II. Linkage maps of the RFLP sites in common wheat. Jpn. J. Genet. 66: 617 ― 633.
Google Scholar
McIntosh R. A., Hart G. E., Devos K. M., Gale M. D., Rogers W. J. 1998. Catalogue of gene symbols for wheat. Vol. 5. Proceedings of the 9th International Wheat Genetic Symposium, Saskatoon, Sask., Canada, 2–7 August 1998. University Extension Press, University of Saskatchewan, Saskatoon, Sask.: 77 ― 83.
Google Scholar
Messmer M. M., Keller M., Zanetti S., Keller B. 1999. Genetic linkage map of a wheat × spelt cross. Theor. Appl. Genet. 98: 1163 ― 1170.
Google Scholar
Paillard S., Schnurbusch T., Winzeler M. , Messmer M., Sourdille P., Abderhalden O., Keller B., Schachermayr G. 2003. An integrative genetic linkage map of winter wheat (Triticum aestivum L.). Theor. Appl. Genet. 107: 1235 ― 1242.
Google Scholar
Pestsova E., Ganal M. W., Röder M. S. 2000. Isolation and mapping of microsatellite markers specific for the D genome of bread wheat. Genome 43: 689 ― 697.
Google Scholar
Röder M. S., Korzun V., Wendehake K., Plaschke J., Tixier M. H., Leroy P., Ganal M. W. 1998. A microsatellite map of wheat. Genetics 149: 2007 ― 2023.
Google Scholar
Semagn K., Bjørnstad Å., Skinnes H., Marøy A. G., Tarkegne Y., William M. 2006. Distribution of DArT, AFLP, and SSR markers in a genetic linkage map of a doubled-haploid hexaploid wheat population. Genome 49: 545 ― 555.
Google Scholar
Somers D. J., Isaac P., Edwards K. 2004. A high-density microsatellite consensus map for bread wheat (Triticum aestivum L.). Theor. Appl. Genet. 109: 1105 ― 1114.
Google Scholar
Song Q. J., Shi J. R., Singh S., Fickus E. W., Costa J. M., Lewis J., Gill B. S., Ward R., Cregan P. B. 2005. Development and mapping of microsatellite (SSR) markers in wheat. Theor. Appl. Genet. 110: 550 ― 560.
Google Scholar
Sourdille K., Cadalen T., Guyomarc’h H., Snape J. W., Perretant M. R., Charmet G., Boeuf C., Bernard S., Bernard M. 2003. An update of the Courtot × Chinese Spring intervarital molecular marker linkage map for the QTL detection of agronomic traits in wheat. Theor. Appl. Genet. 106: 530 ― 538.
Google Scholar
Van Ooijen J. W. 2006. JoinMap 4, Software for the calculation of genetic linkage maps in experimental populations. Kyazma B. V., Wageningen, Netherlands.
Google Scholar
Vos P., Hogers R., Bleeker M., Reijans M., van de Lee T., Hornes M., Fritjers A., Pot J., Peleman J., Kuiper M., Zabeau M. 1995. AFLP: a new technique for DNA Fingerprinting. Nucleic Acids Res. 23: 4407 ― 4414.
Google Scholar
Weber J., May P. 1989. Abundant class of human DNA polymorphisms which can be typed using the polymerase chain reaction. Am. J. Hum. Genet. 44: 388 ― 396.
Google Scholar
Wenzl P., Carling J., Kudrna D., Jaccoud D., Huttner E., Kleinhofs A., Kilian A. 2004. Diversity arrays technology (DArT) for whole-genome profiling of barley. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101: 9915 ― 9920.
Google Scholar
Williams J., Kubelik A., Livak K., Rafalski J., Tingey S. 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Res. 18: 6531 ― 6535.
Google Scholar
Autorzy
Paweł Cz. Czemborp.czembor@ihar.edu.pl
Zakład Fitopatologii, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie Poland
Autorzy
Magdalena RadeckaZakład Fitopatologii, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie Poland
Autorzy
Edward ArseniukZakład Fitopatologii, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin w Radzikowie Poland
Statystyki
Abstract views: 45PDF downloads: 34
Licencja
Prawa autorskie (c) 2007 Paweł Cz. Czembor, Magdalena Radecka, Edward Arseniuk
Utwór dostępny jest na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa – Na tych samych warunkach 4.0 Miedzynarodowe.
Z chwilą przekazania artykułu, Autorzy udzielają Wydawcy niewyłącznej i nieodpłatnej licencji na korzystanie z artykułu przez czas nieokreślony na terytorium całego świata na następujących polach eksploatacji:
- Wytwarzanie i zwielokrotnianie określoną techniką egzemplarzy artykułu, w tym techniką drukarską oraz techniką cyfrową.
- Wprowadzanie do obrotu, użyczenie lub najem oryginału albo egzemplarzy artykułu.
- Publiczne wykonanie, wystawienie, wyświetlenie, odtworzenie oraz nadawanie i reemitowanie, a także publiczne udostępnianie artykułu w taki sposób, aby każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i w czasie przez siebie wybranym.
- Włączenie artykułu w skład utworu zbiorowego.
- Wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej na platformy elektroniczne lub inne wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej do Internetu, lub innej sieci.
- Rozpowszechnianie artykułu w postaci elektronicznej w internecie lub innej sieci, w pracy zbiorowej jak również samodzielnie.
- Udostępnianie artykułu w wersji elektronicznej w taki sposób, by każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i czasie przez siebie wybranym, w szczególności za pośrednictwem Internetu.
Autorzy poprzez przesłanie wniosku o publikację:
- Wyrażają zgodę na publikację artykułu w czasopiśmie,
- Wyrażają zgodę na nadanie publikacji DOI (Digital Object Identifier),
- Zobowiązują się do przestrzegania kodeksu etycznego wydawnictwa zgodnego z wytycznymi Komitetu do spraw Etyki Publikacyjnej COPE (ang. Committee on Publication Ethics), (http://ihar.edu.pl/biblioteka_i_wydawnictwa.php),
- Wyrażają zgodę na udostępniane artykułu w formie elektronicznej na mocy licencji CC BY-SA 4.0, w otwartym dostępie (open access),
- Wyrażają zgodę na wysyłanie metadanych artykułu do komercyjnych i niekomercyjnych baz danych indeksujących czasopisma.
Inne teksty tego samego autora
- Wiesław Golka, Edward Arseniuk, Adrian Golka, Tomasz Góral, Sztuczne sieci neuronowe i teledetekcja w ocenie porażenia pszenicy jarej fuzariozą kłosów , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 288 (2020): Wydanie regularne
- Paweł Cz. Czembor, Dariusz Mańkowski, Piotr Słowacki, Dominika Piaskowska, Mapowanie asocjacyjne genów odporności na rdzę brunatną (Puccinia triticina) i septoriozę paskowaną liści (Septoria tritici) w pszenicy , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- Prof. dr hab. Edward Arseniuk , Lidia Kowalska, Opracowanie i wykorzystanie metod biotechnologicznych skracających cykl hodowlany i zwiększających efektywność selekcji genotypów ozimej pszenicy i ozimego pszenżyta o podwyższonej odporności i tolerancji na septoriozę liści i plew [czynnik sprawczy: Para , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- Prof. dr hab. Edward Arseniuk , Jakub Walczewski, Piotr Ochodzki, Toksyny białkowe Parastagonospora nodorum i ich związek z patogenicznością oraz odpornością pszenżyta i pszenicy na septoriozę liści i plew , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- Aleksandra Pietrusińska, Paweł Cz. Czembor, Ocena wybranych metod izolacji DNA pod względem ich przydatności w hodowli pszenicy , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 244 (2007): Wydanie regularne
- Paweł Cz. Czembor, Magdalena Radecka, Edward Arseniuk, Mapowanie loci odporności pszenicy ozimej na septoriozę paskowaną powodowaną przez grzyba Mycosphaerella graminicola , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 243 (2007): Wydanie regularne
