Porównanie dwóch metod estymacji efektu addytywnego działania genów na podstawie linii podwojonych haploidów jęczmienia

Jan Bocianowski

office@igr.poznan.pl
Instytut Genetyki Roślin Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu (Poland)

Paweł Krajewski


Instytut Genetyki Roślin Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu (Poland)

Abstrakt

Praca zawiera numeryczne porównanie dwu metod estymacji efektu addytywnego działania genów. W pierwszej metodzie zakładamy, że obserwujemy jedynie fenotyp rośliny, natomiast w drugiej dodatkowe informacje otrzymujemy z obserwacji markerów molekularnych. W prezentowanej pracy analizowano dane z 90 doświadczeń przeprowadzonych na 150 liniach podwojonych haploidów jęczmienia uzyskanych z pokolenia F1 krzyżówki Steptoe x Morex metodą Hordeum bulbosum oraz dane z obserwacji 223 markerów, w większości molekularnych typu RFLP, wykonanych na tych liniach, zaczerpnięte z Północnoamerykańskiego Projektu Badania Genomu Jęczmienia. W większości rozważanych doświadczeń zaobserwowano niedoszacowanie efektu addytywnego działania genów obliczonego na podstawie obserwacji fenotypowych i markerów, w stosunku do oceny jedynie na podstawie obserwacji fenotypowych. Obserwowano dużą rozpiętość wyników względnego porównania prezentowanych metod estymacji.


Słowa kluczowe:

efekt addytywnego działania genów, estymacja, jęczmień, linie podwojonych haploidów, markery molekularne

Bocianowski J., Krajewski P. 2000. Estymacja efektów genetycznych na podstawie fenotypu i genotypu markerowego. Colloquium Biometryczne 30: 270 — 280.
Google Scholar

Bocianowski J., Krajewski P. 2001 a. Badania symulacyjne na temat porównania metody fenotypowej i genotypowej estymacji efektu addytywnego działania genów. XIV Zjazd Polskiego Towarzystwa Genetycznego „Genetyka w służbie człowieka”, Streszczenia: 200.
Google Scholar

Bocianowski J., Krajewski P. 2001 b. Numerical comparison of classical and marker-based methods of QTL effects estimation. In: Quantitative genetics and breeding methods: the way ahead. Proceedings of the Eleventh Meeting of the EUCARPIA Section Biometrics in Plant Breeding. A. Gallais, C. Dillmann and I. Goldringer (eds.). Institut National de la Recherche Agronomique, Paris, France, Les Colloques 96: 35 — 40.
Google Scholar

Bocianowski J., Krajewski P., Kaczmarek Z. 1999. Porównanie metod wyboru ekstremalnych linii podwojonych haploidów w estymacji parametrów genetycznych. Colloquium Biometryczne 29: 193 — 202.
Google Scholar

Charmet G., Robert N., Perretant M. R., Gay G., Sourdille P., Groos C., Bernard S., Bernard M. 1999. Marker-assisted recurrent selection for cumulating additive and interactive QTL’s in recombinant inbred lines. Theor. Appl. Genet. 99: 1143 — 1148. DOI: https://doi.org/10.1007/s001220051318
Google Scholar

Frova C., Sari-Gorla M. 1994. Quantitative trait loci (QTL) for pollen thermotolerance detected in maize. Mol. Gen. Genet. 245: 424 — 430. DOI: https://doi.org/10.1007/BF00302254
Google Scholar

Hayes P. M., Iyarnabo O. 1994. Summary of QTL effects in the Steptoe  Morex population. Barley Genetics Newsletter 23: 98 — 143.
Google Scholar

Kaczmarek Z., Surma M., Adamski T. 1984. Parametry genetyczne — ich interpretacja i sposoby wyznaczania. Listy Biometryczne — Biometrical Letters 21: 3 — 20.
Google Scholar

Kleinhofs A., Kilian A., Saghai Maroof M. A., Biyashev R. M., Hayes P., Chen F. Q., Lapitan N., Fenwick A., Blake T. K., Kanazin V., Ananiev E., Dahleen L., Kudrna D., Bollinger J., Knapp S. J., Liu B., Sorrells M., Heun M., Franckowiak J. D., Hoffman D., Skadsen R., Steffenson B. J. 1993. A molecular, isozyme and morphological map of the barley (Hordeum vulgare) genome. Theor. Appl. Genet. 86: 705 — 712. DOI: https://doi.org/10.1007/BF00222660
Google Scholar

Li Z.-K., Luo L. J., Mei H. W., Wang D. L., Shu Q. Y., Tabien R., Zhong D. B., Ying C. S., Stansel J. W., Khush G. S., Paterson A. H. 2001. Overdominant epistatic loci are the primary genetic basis of inbreeding depression and heterosis in rice. I. Biomass and grain yield. Genetics 158: 1737 — 1753. DOI: https://doi.org/10.1093/genetics/158.4.1737
Google Scholar

Romagosa I., Ullrich S. E., Han F., Hayes P. M. 1996. Use of the additive main effects and multiplicative interaction model in QTL mapping for adaptation in barley. Theor. Appl. Genet. 93: 30 — 37. DOI: https://doi.org/10.1007/BF00225723
Google Scholar

Sari-Gorla M., Krajewski P., Binelli G., Frova C., Taramino G., Villa M. 1997. Genetic dissection of herbicide tolerance in maize by molecular markers. Molecular Breeding 3: 481 — 493. DOI: https://doi.org/10.1023/A:1009631301428
Google Scholar

Searle S. P. 1982. Matrix algebra useful for statistics. John Wiley and Sons, New York.
Google Scholar

Snape J. W. 1997. Application of doubled haploid lines in plant breeding and genetical research: current issues and approaches. In: Advances in Biometrical Genetics, Proceedings of the Tenth Meeting of the EUCARPIA Section Biometrics in Plant Breeding, P. Krajewski and Z. Kaczmarek (eds.). Institute of Plant Genetics, Poznań, 35 — 46.
Google Scholar

Surma M. 1996. Biometryczno-genetyczna analiza cech ilościowych mieszańców i linii podwojonych haploidów jęczmienia jarego. IGR PAN, Poznań.
Google Scholar

Pobierz


Opublikowane
06/30/2003

Cited By / Share

Bocianowski, J. i Krajewski, P. (2003) „Porównanie dwóch metod estymacji efektu addytywnego działania genów na podstawie linii podwojonych haploidów jęczmienia”, Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin, (226/227), s. 41–47. doi: 10.37317/biul-2003-0126.

Autorzy

Jan Bocianowski 
office@igr.poznan.pl
Instytut Genetyki Roślin Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu Poland

Autorzy

Paweł Krajewski 

Instytut Genetyki Roślin Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu Poland

Statystyki

Abstract views: 205
PDF downloads: 17


Licencja

Prawa autorskie (c) 2003 Jan Bocianowski, Paweł Krajewski

Creative Commons License

Utwór dostępny jest na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa – Na tych samych warunkach 4.0 Miedzynarodowe.

Z chwilą przekazania artykułu, Autorzy udzielają Wydawcy niewyłącznej i nieodpłatnej licencji na korzystanie z artykułu przez czas nieokreślony na terytorium całego świata na następujących polach eksploatacji:

  1. Wytwarzanie i zwielokrotnianie określoną techniką egzemplarzy artykułu, w tym techniką drukarską oraz techniką cyfrową.
  2. Wprowadzanie do obrotu, użyczenie lub najem oryginału albo egzemplarzy artykułu.
  3. Publiczne wykonanie, wystawienie, wyświetlenie, odtworzenie oraz nadawanie i reemitowanie, a także publiczne udostępnianie artykułu w taki sposób, aby każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i w czasie przez siebie wybranym.
  4. Włączenie artykułu w skład utworu zbiorowego.
  5. Wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej na platformy elektroniczne lub inne wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej do Internetu, lub innej sieci.
  6. Rozpowszechnianie artykułu w postaci elektronicznej w internecie lub innej sieci, w pracy zbiorowej jak również samodzielnie.
  7. Udostępnianie artykułu w wersji elektronicznej w taki sposób, by każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i czasie przez siebie wybranym, w szczególności za pośrednictwem Internetu.

Autorzy poprzez przesłanie wniosku o publikację:

  1. Wyrażają zgodę na publikację artykułu w czasopiśmie,
  2. Wyrażają zgodę na nadanie publikacji DOI (Digital Object Identifier),
  3. Zobowiązują się do przestrzegania kodeksu etycznego wydawnictwa zgodnego z wytycznymi Komitetu do spraw Etyki Publikacyjnej COPE (ang. Committee on Publication Ethics), (http://ihar.edu.pl/biblioteka_i_wydawnictwa.php),
  4. Wyrażają zgodę na udostępniane artykułu w formie elektronicznej na mocy licencji CC BY-SA 4.0, w otwartym dostępie (open access),
  5. Wyrażają zgodę na wysyłanie metadanych artykułu do komercyjnych i niekomercyjnych baz danych indeksujących czasopisma.

Inne teksty tego samego autora

<< < 1 2 3 4 5 6 > >>