Polimorfizm markerów STS i SSR w obrębie linii wsobnych żyta
Stefan Stojałowski
stefan.stojalowski@zut.edu.plKatedra Genetyki i Hodowli Roślin, Akademia Rolnicza w Szczecinie (Poland)
Abstrakt
Dwadzieścia pięć markerów STS oraz dwanaście markerów mikrosatelitarnych (SSR) zostało wykorzystanych do oceny genetycznego zróżnicowania w obrębie 15 linii wsobnych żyta. Polimorficzne fragmenty DNA zidentyfikowano w obrębie dwudziestu loci STS i jedenastu SSR. Oba systemy markerowe okazały się być skuteczne przy rozróżnianiu badanych genotypów żyta, ale markery SSR okazały się bardziej polimorficzne i w związku z tym wydają się być efektywniejsze w identyfikowaniu poszczególnych linii. Poziom genetycznego zróżnicowania oceniony na podstawie wszystkich użytych w pracy markerów mieścił się w granicach od 0,10 do 0,58. Dendrogram skonstruowany w oparciu o wykryty polimorfizm markerów STS i SSR był zasadniczo zgodny z danymi o pochodzeniu badanych linii.
Słowa kluczowe:
SSR, STS, markery molekularne, żytoBibliografia
Bednarek P. T., Chwedorzewska K., Króliczak J., Puchalski J., Zawada M. 1999. Wykorzystanie markerów genetycznych typu AFLP do badań zmienności genetycznej linii wsobnych żyta. Biul. IHAR 211: 219 — 227.
Google Scholar
Bolibok H., Rakoczy-Trojanowska M., Hromada A., Pietrzykowaski R. 2005. Efficiency of different PCR-based marker systems in assessing genetic diversity among winter rye (Secale cereale L.) inbred lines. Euphytica 146: 109 — 116.
Google Scholar
Börner A., Korzun V., Polley A., Malyshev S., Melz G. 1998. Genetics and molecular mapping of male fertility restoration locus (Rfg1) in rye (Secale cereale L.). Theor. Appl. Genet. 97: 99 — 102.
Google Scholar
Gonzalez C., Camacho M. V., Benito C. 2002. Chromosomal location of 46 new RAPD markers in rye (Secale cereale L.). Genetica 118: 205 — 211.
Google Scholar
Graner A., Ludwig F. W., Melchinger A. E. 1994. Relationship among European barley germplasm: II Comparison of RFLP and pedigree data. Crop Sci. 34: 1199 — 1205.
Google Scholar
Hackauf B., Wehling P. 2002. Identification of microsatellite polymorphisms in an expressed portion of the rye genome. Plant Breed. 121: 11 — 25.
Google Scholar
Hackauf B, Wehling P. 2003. Development of microsatellite markers in rye: map construction. Plant Breed Seed Sci 48: 143 — 151.
Google Scholar
Jaccoud D., Peng K., Feinstein D., Kilian A. 2001. Diversity arrays: a solid state technology for sequence information independent genotyping. Nucl. Acid. Res. 29(4), e25: 1 — 7.
Google Scholar
Khlestkina E. K., Than M. H. M., Pestsova E. G., Röder M. S., Malyshev S. V., Korzun V., Börner A. 2004. Mapping of 99 new microsatellite-derived loci in rye (Secale cereale L.) including 39 expressed sequence tags. Theor. Appl. Genet. 109: 725 — 732.
Google Scholar
Mago R., Miah H., Lawrence G. J., Wellings C. R., Spielmeyer W., Bariana H. S. 2005. High-resolution mapping and mutation analysis separate the rust resistance genes Sr31, Lr26 and Yr9 on the short arm of rye chromosome 1. Theor Appl Genet 112: 41 — 50.
Google Scholar
Mago R., Spielmeyer W., Lawrance G. J., Lagudah E. S., Ellis J. G., Pryor A. 2002. Identification and mapping of molecular markers linked to rust resistance genes located on chromosome 1RS of rye using wheat-rye translocation lines. Theor Apel. Genet. 104: 1317 — 1324.
Google Scholar
Masojć P., Łapiński M., Myśków B., Stojałowski S., Milczarski P. 1999. Poszukiwanie markerów molekularnych męskiej sterylności i odporności na porastanie u żyta. Biul. IHAR 211: 273 — 280.
Google Scholar
Miftahudin, G., Scoles J., Gustafson J. P. 2002. AFLP markers tightly linked to the aluminum-tolerance gene Alt3 in rye (Secale cereale L.). Theor. Appl. Genet. 104: 626 — 631.
Google Scholar
Myśków B., Masojć P., Banek-Tabor A., Szołkowski A. 2001. Genetic diversity of inbred rye lines evaluated by RAPD analysis. J. Appl. Genet. 42 (1): 1 — 14.
Google Scholar
Nei M., Lee W.H. 1979. Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases. Proc. Natl. Acad. Sci. 79: 5269 — 5273.
Google Scholar
Powell W., Morgante M., Andre C., Hanafey M., Vogel J., Tingey S., Rafalski A. 1996. The comparision of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Mol. Breed. 2: 225 — 238.
Google Scholar
Stojałowski S., Milczarski P., Masojć P. 2004. Przydatność markerów ISSR do identyfikacji linii wsobnych oraz mapowania genomu żyta. Biul. IHAR 231: 237 — 246.
Google Scholar
Stracke S., Schilling A. G., Förster J., Weiss C., Glass C., Miedaner T., Geiger H. H. 2003. Development of PCR-based markers linked to dominant genes for male-fertility restorationin Pampa CMS of rye (Secale cereale L.). Theor. Appl. Genet. 106: 1184 — 1190.
Google Scholar
Vos P., Hogers R., Bleeker M., van de Lee T., Hornes M., Frijters A., Pot J., Peleman J., Kuiper M., Zabeau M. 1995. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting. Nucl. Acid. Res. 23 (21): 4407 — 4414.
Google Scholar
Williams J. G. K., Kubelik A. R., Livak K. J., Rafalski J. A., Tingey S. V. 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucl. Acid. Res. 18: 6531 — 6535.
Google Scholar
Zietkiewicz E., Rafalski A., Labuda D. 1994. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR) — Anchored Polymerase Chain Reaction Amplification. Genomics 20: 176 — 183.
Google Scholar
Autorzy
Stefan Stojałowskistefan.stojalowski@zut.edu.pl
Katedra Genetyki i Hodowli Roślin, Akademia Rolnicza w Szczecinie Poland
Statystyki
Abstract views: 65PDF downloads: 42
Licencja
Prawa autorskie (c) 2007 Stefan Stojałowski
Utwór dostępny jest na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa – Na tych samych warunkach 4.0 Miedzynarodowe.
Z chwilą przekazania artykułu, Autorzy udzielają Wydawcy niewyłącznej i nieodpłatnej licencji na korzystanie z artykułu przez czas nieokreślony na terytorium całego świata na następujących polach eksploatacji:
- Wytwarzanie i zwielokrotnianie określoną techniką egzemplarzy artykułu, w tym techniką drukarską oraz techniką cyfrową.
- Wprowadzanie do obrotu, użyczenie lub najem oryginału albo egzemplarzy artykułu.
- Publiczne wykonanie, wystawienie, wyświetlenie, odtworzenie oraz nadawanie i reemitowanie, a także publiczne udostępnianie artykułu w taki sposób, aby każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i w czasie przez siebie wybranym.
- Włączenie artykułu w skład utworu zbiorowego.
- Wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej na platformy elektroniczne lub inne wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej do Internetu, lub innej sieci.
- Rozpowszechnianie artykułu w postaci elektronicznej w internecie lub innej sieci, w pracy zbiorowej jak również samodzielnie.
- Udostępnianie artykułu w wersji elektronicznej w taki sposób, by każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i czasie przez siebie wybranym, w szczególności za pośrednictwem Internetu.
Autorzy poprzez przesłanie wniosku o publikację:
- Wyrażają zgodę na publikację artykułu w czasopiśmie,
- Wyrażają zgodę na nadanie publikacji DOI (Digital Object Identifier),
- Zobowiązują się do przestrzegania kodeksu etycznego wydawnictwa zgodnego z wytycznymi Komitetu do spraw Etyki Publikacyjnej COPE (ang. Committee on Publication Ethics), (http://ihar.edu.pl/biblioteka_i_wydawnictwa.php),
- Wyrażają zgodę na udostępniane artykułu w formie elektronicznej na mocy licencji CC BY-SA 4.0, w otwartym dostępie (open access),
- Wyrażają zgodę na wysyłanie metadanych artykułu do komercyjnych i niekomercyjnych baz danych indeksujących czasopisma.
Inne teksty tego samego autora
- Prof. dr hab. Stefan Stojałowski , Marta Orłowska , Martyna Sobczyk , Anna Bienias , Marcin Berdzik , Beata Myśków , Halina Góral , Magdalena Simlat , Tomasz Warzecha , Wojciech Wesołowski , Marek Szklarczyk , Mirosław Pojmaj , Genetyczne podłoże męskiej sterylności pszenżyta z różnymi cytoplazmami oraz możliwość wykorzystania badanych cytoplazm do tworzenia systemów CMS u pszenicy , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- Prof. dr hab. Stefan Stojałowski , Marta Orłowska , Martyna Sobczyk , Anna Bienias , Beata Myśków , Marzena Ostrowska , Marek Zając , Róża Mazur , Dorota Jasińska , Badania wewnętrznej struktury genetycznej odmian żyta oraz dziedzicznego podłoża efektu heterozji , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- Prof. dr hab. Stefan Stojałowski , Marta Orłowska , Martyna Sobczyk , Anna Bienias , Beata Myśków , Przemysław Tomczak , Wojciech Wesołowski , Marek Szklarczyk , Waldemar Brukwiński , Katarzyna Banaszak, Monika Hanek, Renata Krysztrofik, Marek Zając, Poszukiwanie wspólnych mechanizmów dziedziczenia płodności roślin z cytoplazmą CMS-C oraz z cytoplazmą CMS-Pampa , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- dr hab. Marek Szklarczyk , Wojciech Wesołowski, Marcelina Wajdzik, Anna Szlachtowska, Beata Domnicz, Stefan Stojałowski, Identyfikacja genów odpowiedzialnych za przywracanie płodności i samozgodność u wybranych roślin warzywnych , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- Monika Kociuba, Stefan Stojałowski, Efektywność markerów molekularnych SCAR z chromosomu 4RL w selekcji genotypów męskopłodnych oraz ich związek z wybranymi cechami morfologicznymi żyta (Secale cereale L.) , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 252 (2009): Wydanie regularne
