Przydatność markerów ISSR do identyfikacji linii wsobnych oraz mapowania genomu żyta
Stefan Stojałowski
dziekanat.biot@zut.edu.plKatedra Genetyki i Hodowli Roślin, Akademia Rolnicza w Szczecinie (Poland)
Paweł Milczarski
Katedra Genetyki i Hodowli Roślin, Akademia Rolnicza w Szczecinie (Poland)
Piotr Masojć
Katedra Genetyki i Hodowli Roślin, Akademia Rolnicza w Szczecinie (Poland)
Abstrakt
Celem pracy była ocena przydatności markerów ISSR do identyfikowania linii wsobnych oraz konstruowania map genetycznych żyta. Analizami objęto 16 linii wsobnych oraz liczącą 94 osobniki populację F2 mieszańca między liniami 544 i Ot0-20. Spośród 57 starterów zawierających sekwencje powtarzalne wybrano 12 generujących wyraźne i powtarzalne produkty amplifikacji. Wybrane startery pozwoliły na ujawnienie 29 polimorficznych fragmentów DNA jednoznacznie różnicujących badane linie wsobne i pozwalających na wstępne oszacowanie zróżnicowania genetycznego pomiędzy nimi. Utworzony na bazie uzyskanych rezultatów dendrogram podobieństwa genetycznego pomiędzy liniami wsobnymi zasadniczo nie wykazuje sprzeczności z danymi rodowodowymi. Spośród ośmiu fragmentów DNA wybranych do oceny w obrębie populacji mapującej sześć wykazywało segregację zgodną z oczekiwaniami dla produktów amplifikowanych w pojedynczym locus. Wyniki analiz segregacji markerów ISSR w populacji mapującej dowodzą, że technika ta może znaleźć zastosowanie przy konstruowaniu map genetycznych żyta, ale jej efektywność będzie raczej niska, porównywalna z techniką RAPD.
Instytucje finansujące
Słowa kluczowe:
ISSR, markery molekularne, mapowanie genetyczne, żytoBibliografia
Ammiraju J. S. S., Dholakia B. B., Dantra D. K., Sigh H., Lagu M. D., Tamhankar S. A., Dhaliwal H. S., Rao V. S., Gupta V. S., Ranjekar P. K. 2001. Identification of inter simple sequence repeat (ISSR) markers associated with seed size in wheat. Theor. Appl. Genet. 102: 726 — 732.
DOI: https://doi.org/10.1007/s001220051703
Google Scholar
Blair M. W., Panaud O., McCouch S. R. 1999. Inter-simple sequence repeat (ISSR) amplification for analysis of microsatellite motif frequency and fingerprinting in rice (Oryza sativa L.). Theor. Appl. Genet. 98: 780 — 792.
DOI: https://doi.org/10.1007/s001220051135
Google Scholar
Cekic C., Battey N. H., Wilkinson M. J. 2001. The potential of ISSR-PCR primer-pair combinations for genetic linkage analysis using the seasonal flowering locus in Fragaria as a model. Theor. Appl. Genet. 103: 540 — 546.
DOI: https://doi.org/10.1007/PL00002907
Google Scholar
Fernandez M. E., Figueiras A. M., Benito C. 2002. The use of ISSR and RAPD markers for detecting DNA polymorphism, genotype identification and genetic diversity among cultivars with known origin. Theor. Appl. Genet. 104: 845 — 851.
DOI: https://doi.org/10.1007/s00122-001-0848-2
Google Scholar
Kantety R. V., Zeng X. P., Bennetzen J. L., Zehr B. E. 1995. Assessment of genetic diversity in dent and popcorn (Zea mays L.) inbred lines using inter-simple sequence repeat (ISSR) amplification. Mol. Breed. 1: 365 — 373.
DOI: https://doi.org/10.1007/BF01248414
Google Scholar
Kojima T., Nagaoka T., Noda K., Ogihara Y. 1998. Genetic linkage map of ISSR and RAPD markers in Einkorn wheat in relation to that of RFLP markers. Theor. Appl. Genet. 96: 37 — 45.
DOI: https://doi.org/10.1007/s001220050706
Google Scholar
Masojć P., Myśków B., Milczarski P. 2001. Extending a RFLP-based genetic map of rye using random amplified polymorphic DNA (RAPD) and isozyme markers. Theor. Appl. Genet. 102: 1273 — 1279.
DOI: https://doi.org/10.1007/s001220000512
Google Scholar
Moreno S., Martin J. P., Ortiz J. M. 1998. Inter-simple sequence repeats PCR for characterization of closely related grapevine germplasm. Euphytica 101: 117 — 125.
DOI: https://doi.org/10.1023/A:1018379805873
Google Scholar
Myśków B., Masojć P., Banek-Tabor A., Szołkowski A. 2001. Genetic diversity of inbred rye lines evaluated by RAPD analysis. J. Appl. Genet. 42: 1 — 4.
Google Scholar
Nagoaka T., Ogihara Y. 1997. Applicability of inter-simple sequence repeat polymorphism in wheat for use as DNA markers in comparison to RFLP and RAPD markers. Theor. Appl. Genet. 94: 597 — 602.
DOI: https://doi.org/10.1007/s001220050456
Google Scholar
Pradeep Reddy M., Sarla N., Siddiq E. A. 2002. Inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism and its application in plant breeding. Euphytica 128: 9 — 17.
DOI: https://doi.org/10.1023/A:1020691618797
Google Scholar
Ratnaparkhe M. B., Tekeoglu M., Muehlbauer F. J. 1998. Inter-simple sequence repeat (ISSR) polymorphisms are useful for finding markers associated with disease resistance gene clusters. Theor. Appl. Genet. 97: 515 — 519.
DOI: https://doi.org/10.1007/s001220050925
Google Scholar
Smolik M., Rzepka-Plevneš D. 2002. Wykorzystanie polimorfizmu DNA w regionach sekwencji mikrosatelitarnych do identyfikacji genotypów żyta o różnej tolerancji na niedobory pokarmowe w podłożu. Zesz. Probl. Post. Nauk Rol. 488 „Nowoczesne metody i techniki w hodowli roślin”: 145 — 151.
Google Scholar
Thomson D., Henry R. 1995. Single-step protocol for preparation of plant tissue for analysis by PCR. BioTechniques 19: 394 — 400.
Google Scholar
Virk P. S., Zhu J., Newbury H. J., Bryan G. J., Jackson M. T., Ford-Lloyd B. V. 2000. Effectiveness of different classes of molecular marker for classifying and revealing variation in rice (Oryza sativa) germplasm. Euphytica 112: 275 — 284.
DOI: https://doi.org/10.1023/A:1003952720758
Google Scholar
Williams J. G. K., Kubelik A. R., Livak K. J., Rafalski J. A., Tingey S. V. 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acids Res. 18: 6531 — 6535.
DOI: https://doi.org/10.1093/nar/18.22.6531
Google Scholar
Ziętkiewicz E., Rafalski A., Labuda D. 1994. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR) — Anchored Polymerase Chain Reaction Amplification. Genomics 20: 176 — 183.
DOI: https://doi.org/10.1006/geno.1994.1151
Google Scholar
Autorzy
Stefan Stojałowskidziekanat.biot@zut.edu.pl
Katedra Genetyki i Hodowli Roślin, Akademia Rolnicza w Szczecinie Poland
Autorzy
Paweł MilczarskiKatedra Genetyki i Hodowli Roślin, Akademia Rolnicza w Szczecinie Poland
Autorzy
Piotr MasojćKatedra Genetyki i Hodowli Roślin, Akademia Rolnicza w Szczecinie Poland
Statystyki
Abstract views: 19PDF downloads: 6
Licencja
Prawa autorskie (c) 2004 Stefan Stojałowski, Paweł Milczarski, Piotr Masojć
Utwór dostępny jest na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa – Na tych samych warunkach 4.0 Miedzynarodowe.
Z chwilą przekazania artykułu, Autorzy udzielają Wydawcy niewyłącznej i nieodpłatnej licencji na korzystanie z artykułu przez czas nieokreślony na terytorium całego świata na następujących polach eksploatacji:
- Wytwarzanie i zwielokrotnianie określoną techniką egzemplarzy artykułu, w tym techniką drukarską oraz techniką cyfrową.
- Wprowadzanie do obrotu, użyczenie lub najem oryginału albo egzemplarzy artykułu.
- Publiczne wykonanie, wystawienie, wyświetlenie, odtworzenie oraz nadawanie i reemitowanie, a także publiczne udostępnianie artykułu w taki sposób, aby każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i w czasie przez siebie wybranym.
- Włączenie artykułu w skład utworu zbiorowego.
- Wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej na platformy elektroniczne lub inne wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej do Internetu, lub innej sieci.
- Rozpowszechnianie artykułu w postaci elektronicznej w internecie lub innej sieci, w pracy zbiorowej jak również samodzielnie.
- Udostępnianie artykułu w wersji elektronicznej w taki sposób, by każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i czasie przez siebie wybranym, w szczególności za pośrednictwem Internetu.
Autorzy poprzez przesłanie wniosku o publikację:
- Wyrażają zgodę na publikację artykułu w czasopiśmie,
- Wyrażają zgodę na nadanie publikacji DOI (Digital Object Identifier),
- Zobowiązują się do przestrzegania kodeksu etycznego wydawnictwa zgodnego z wytycznymi Komitetu do spraw Etyki Publikacyjnej COPE (ang. Committee on Publication Ethics), (http://ihar.edu.pl/biblioteka_i_wydawnictwa.php),
- Wyrażają zgodę na udostępniane artykułu w formie elektronicznej na mocy licencji CC BY-SA 4.0, w otwartym dostępie (open access),
- Wyrażają zgodę na wysyłanie metadanych artykułu do komercyjnych i niekomercyjnych baz danych indeksujących czasopisma.
Inne teksty tego samego autora
- Mirosław Tyrka , Grzegorz Fic , Magdalena Szeliga , Marcin Jaromin , Paweł Krajewski , Paweł Milczarski , Tadeusz Drzazga , Przemysław Matysik , Róża Mazur , Teresa Sikora , Edward Witkowski , Justyna Buczkowicz , Dorota Tyrka , Selekcja genomowa pszenicy ozimej , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- Prof. dr hab. Stefan Stojałowski , Marta Orłowska , Martyna Sobczyk , Anna Bienias , Marcin Berdzik , Beata Myśków , Halina Góral , Magdalena Simlat , Tomasz Warzecha , Wojciech Wesołowski , Marek Szklarczyk , Mirosław Pojmaj , Genetyczne podłoże męskiej sterylności pszenżyta z różnymi cytoplazmami oraz możliwość wykorzystania badanych cytoplazm do tworzenia systemów CMS u pszenicy , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- Prof. dr hab. Stefan Stojałowski , Marta Orłowska , Martyna Sobczyk , Anna Bienias , Beata Myśków , Marzena Ostrowska , Marek Zając , Róża Mazur , Dorota Jasińska , Badania wewnętrznej struktury genetycznej odmian żyta oraz dziedzicznego podłoża efektu heterozji , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- Prof. dr hab. Stefan Stojałowski , Marta Orłowska , Martyna Sobczyk , Anna Bienias , Beata Myśków , Przemysław Tomczak , Wojciech Wesołowski , Marek Szklarczyk , Waldemar Brukwiński , Katarzyna Banaszak, Monika Hanek, Renata Krysztrofik, Marek Zając, Poszukiwanie wspólnych mechanizmów dziedziczenia płodności roślin z cytoplazmą CMS-C oraz z cytoplazmą CMS-Pampa , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- Monika Kociuba, Stefan Stojałowski, Efektywność markerów molekularnych SCAR z chromosomu 4RL w selekcji genotypów męskopłodnych oraz ich związek z wybranymi cechami morfologicznymi żyta (Secale cereale L.) , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 252 (2009): Wydanie regularne
- dr hab. Marek Szklarczyk , Wojciech Wesołowski, Marcelina Wajdzik, Anna Szlachtowska, Beata Domnicz, Stefan Stojałowski, Identyfikacja genów odpowiedzialnych za przywracanie płodności i samozgodność u wybranych roślin warzywnych , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- Paweł Milczarski, Identyfikacja QTL wybranych cech morfologicznych związanych z wyleganiem u żyta (Secale cereale L.) , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 250 (2008): Wydanie regularne
- Stefan Stojałowski, Polimorfizm markerów STS i SSR w obrębie linii wsobnych żyta , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 244 (2007): Wydanie regularne
- Magdalena Pol-Szyszko, Piotr Masojč, Izabela Doniec, Agnieszka Wenda, Ocena aktywności α-amylazy w ziarnie odmian kukurydzy zwyczajnej (Zea mays L.) w aspekcie ich wykorzystania do produkcji bioetanolu , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 254 (2009): Wydanie regularne
- Paweł Milczarski, Identyfikacja QTL warunkujących długość liścia flagowego w dwóch populacjach mapujących żyta (Secale cereale L.) , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 250 (2008): Wydanie regularne
