Identyfikacja markerów SSR przydatnych do konstrukcji mapy genetycznej i mapowania genów odporności na kanciastą plamistość liści ogórka (Cucumis sativus L.)
Renata Słomnicka
skrzynka_ib-kghbr@sggw.edu.plKatedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)
Adrianna Pietluch
Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)
Justyna Łęczycka
Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)
Anna Doraczyńska
Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)
Aleksandra Korzeniewska
Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)
Helena Olczak-Woltman
Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)
Katarzyna Niemirowicz-Szczytt
Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)
Grzegorz Bartoszewski
Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)
Abstrakt
W pracy podjęto próbę identyfikacji markerów SSR użytecznych do konstrukcji mapy genetycznej ogórka dla populacji mapującej 110 rekombinacyjnych linii wsobnych (RIL). Populację uzyskano z krzyżowania amerykańskiej linii Gy14 wykazującej tolerancję na bakteryjną kanciastą plamistość z polską linią B10 wrażliwą na tę chorobę. Analiza bioinformatyczna zróżnicowania sekwencji loci mikrosatelitarnych pozwoliła wskazać markery SSR potencjalnie przydatne do mapowania w tej populacji. Wytypowano 222 markery SSR, spośród których 160 przetestowano na liniach rodzicielskich i wybranych RIL. Potwierdzono polimorfizm dla 103 markerów SSR (64,4%), zaś dla 52 z nich wykazano przydatność do konstrukcji mapy genetycznej populacji Gy14 × B10 i mapowania genów odporności na kanciastą plamistość liści ogórka. Wstępnie wskazano, że marker SSR00398 zlokalizowany na chromosomie 5 może być sprzężony z genem odporności na tę chorobę.
Instytucje finansujące
Słowa kluczowe:
Cucumis sativus, kanciasta plamistość ogórka, markery SSR, Pseudomonas syringae pv. lachrymansBibliografia
Adhikari B. N., Savory E. A., Vaillancourt B., Childs K. L., Hamilton J. P., Day B., Buell C. R. 2012. Expression profiling of Cucumis sativus in response to infection by Pseudoperonospora cubensis. PLoS ONE 7: e34954.
Google Scholar
Benbouza H., Jacquemin J., Baudoin J., Mergeai G. 2006. Optimization of reliable, fast, cheap and sensitive silver staining method to detect SSR markers in polyacrylamide gels. Biotechnol. Agron. Soc. Environ.10: 77 — 81.
Google Scholar
Hammerschmidt R. 1999 a. PHYTOALEXINS: What have we learned after 60 years? Ann. Rev. Phytopathol. 37: 285 — 306.
Google Scholar
Hammerschmidt R. 1999 b. Induced disease resistance: how do induced plants stop pathogens? Physiol. Mol. Plant. Pathol. 55: 77 — 84.
Google Scholar
Huang S., Li R., Zhang Z., Li L., Gu X., Fan W., Lucas W. J., Wang X., Xie B., Ni P., Ren Y., Zhu H., Li J., Lin K., Jin W., Fei Z., Li G., Staub J., Kilian A., van der Vossen E. A., Wu Y., Guo J., He J., Jia Z., Ren Y., Tian G., Lu Y., Ruan J., Qian W., Wang M., Huang Q., Li B., Xuan Z., Cao J., Asan Wu Z., Zhang J., Cai Q., Bai Y., Zhao B., Han Y., Li Y., Li X., Wang S., Shi Q., Liu S., Cho W. K., Kim J. Y., Xu Y., Heller-Uszynska K., Miao H., Cheng Z., Zhang S., Wu J., Yang Y., Kang H., Li M., Liang H., Ren X., Shi Z., Wen M., Jian M., Yang H., Zhang G., Yang Z., Chen R., Liu S., Li J., Ma L., Liu H., Zhou Y., Zhao J., Fang X., Li G., Fang L., Li Y., Liu D., Zheng H., Zhang Y., Qin N., Li Z., Yang G., Yang S., Bolund L., Kristiansen K., Zheng H., Li S., Zhang X., Yang H., Wang J., Sun R., Zhang B., Jiang S., Wang J., Du Y., Li S. 2009. The genome of the cucumber, Cucumis sativus L. Nat. Genet. 41: 1275 — 1281.
Google Scholar
Jenkins S. F., Wehner T. C. 1983. A system for the measurement of foliar diseases of cucumber. Cucurbit Genet. Coop. Rep. 6: 10 — 12.
Google Scholar
Lough T. J., Lucas W. J. 2006. Integrative plant biology: role of phloem long distance macromolecular trafficking. Ann. Rev. Plant Biol. 57: 203 — 232.
Google Scholar
Malepszy S., Niemirowicz-Szczytt K. 1991. Sex determination in cucumber (Cucumis sativus) as a model system for molecular biology. Plant Sci. 80: 39 — 47.
Google Scholar
Miao H., Zhang S., Wang X., Zhang Z., Li M., Mu S., Cheng Z., Zhang R., Huang S., Xie B., Fang Z., Zhang Z., Weng Y., Gu X. 2011. A linkage map of cultivated cucumber (Cucumis sativus L.) with 248 microsatellite marker loci and seven genes for horticulturally important traits. Euphytica 182: 167 — 176.
Google Scholar
Olczak-Woltman H., Gałecka T., Korzeniewska A., Niemirowicz-Szczytt K. 2007. Odporność linii DH ogórka na bakteryjną kanciastą plamistość. Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych 517: 527 — 532.
Google Scholar
Olczak-Woltman H., Schollenberger M., Mądry W., Niemirowicz-Szczytt K. 2008. Evaluation of cucumber (Cucumis sativus) cultivars grown in Eastern Europe and progress in breeding for resistance to angular leaf spot (Pseudomonas syringae pv. lachrymans). Eur J. Plant Pathol. 122: 385 — 393.
Google Scholar
Olczak-Woltman H., Bartoszewski G., Mądry W., Niemirowicz-Szczytt K. 2009. Inheritance of resistance to angular leaf spot (Pseudomonas syringae pv. lachrymans) in cucumber and identification of molecular markers linked to resistance. Plant Pathol. 58: 145 — 151.
Google Scholar
Pillen K., Binder A., Kreuzkam B., Ramsay L., Waugh R., Förster J., Léon J. 2000. Mapping new EMBL-derived barley microsatellites and their use in differentiating German barley cultivars. Theor. Appl. Genet. 101: 652 — 660.
Google Scholar
Ren Y., Zhang Z., Liu J., Staub J. E., Han Y., Cheng Z., Li X., Lu J., Miao H., Kang H., Xie B., Gu X., Wang X., Du Y., Jin W., Huang S. 2009. An integrated genetic and cytogenetic map of the cucumber genome. PLoS ONE 4: e5795.
Google Scholar
Tanurdzic M., Banks J. A. 2004. Sex-determining mechanisms in land plants. Plant Cell 16 Suppl.: S61 — 71.
Google Scholar
Wan H., Yuan W., Bo K., Shen J., Pang X., Chen J. 2013. Genome-wide analysis of NBS-encoding disease resistance genes in Cucumis sativus and phylogenetic study of NBS-encoding genes in Cucurbitaceae crops. BMC Genomics 14: 109.
Google Scholar
Wóycicki R., Witkowicz J., Gawroński P., Dąbrowska J., Lomsadze A., Pawełkowicz M., Siedlecka E., Kohei Yagi, Pląder W., Seroczyńska A., Śmiech M., Gutman W., Niemirowicz-Szczytt K., Bartoszewski G., Norikazu Tagashira, Yoshikazu Hoshi, Borodovsky M., Karpiński S., Malepszy S., Przybecki Z. 2011. The genome sequence of the North-European cucumber (Cucumis sativus L.) unravels evolutionary adaptation mechanisms in plants. PLoS ONE 6: e22728.
Google Scholar
Yang L., Koo D.H., Li Y., Zhang X., Luan F., Havey M. J., Jiang J., Weng Y. 2012. Chromosome rearrangements during domestication of cucumber as revealed by high-density genetic mapping and draft genome assembly. Plant J 71: 895 — 906.
Google Scholar
Yang L., Dawei L., Yuhong L., Xingfang G., Sanwen H., Garcia-Mas J., Weng Y. 2013. A 1,681-locus consensus genetic map of cultivated cucumber including 67 NB-LRR resistance gene homolog and ten gene loci. BMC Plant Biol. 13: 53.
Google Scholar
Autorzy
Renata Słomnickaskrzynka_ib-kghbr@sggw.edu.pl
Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland
Autorzy
Adrianna PietluchKatedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland
Autorzy
Justyna ŁęczyckaKatedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland
Autorzy
Anna DoraczyńskaKatedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland
Autorzy
Aleksandra KorzeniewskaKatedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland
Autorzy
Helena Olczak-WoltmanKatedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland
Autorzy
Katarzyna Niemirowicz-SzczyttKatedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland
Autorzy
Grzegorz BartoszewskiKatedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland
Statystyki
Abstract views: 49PDF downloads: 59
Licencja
Prawa autorskie (c) 2015 Renata Słomnicka, Adrianna Pietluch, Justyna Łęczycka, Anna Doraczyńska, Aleksandra Korzeniewska, Helena Olczak-Woltman, Katarzyna Niemirowicz-Szczytt, Grzegorz Bartoszewski
Utwór dostępny jest na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa – Na tych samych warunkach 4.0 Miedzynarodowe.
Z chwilą przekazania artykułu, Autorzy udzielają Wydawcy niewyłącznej i nieodpłatnej licencji na korzystanie z artykułu przez czas nieokreślony na terytorium całego świata na następujących polach eksploatacji:
- Wytwarzanie i zwielokrotnianie określoną techniką egzemplarzy artykułu, w tym techniką drukarską oraz techniką cyfrową.
- Wprowadzanie do obrotu, użyczenie lub najem oryginału albo egzemplarzy artykułu.
- Publiczne wykonanie, wystawienie, wyświetlenie, odtworzenie oraz nadawanie i reemitowanie, a także publiczne udostępnianie artykułu w taki sposób, aby każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i w czasie przez siebie wybranym.
- Włączenie artykułu w skład utworu zbiorowego.
- Wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej na platformy elektroniczne lub inne wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej do Internetu, lub innej sieci.
- Rozpowszechnianie artykułu w postaci elektronicznej w internecie lub innej sieci, w pracy zbiorowej jak również samodzielnie.
- Udostępnianie artykułu w wersji elektronicznej w taki sposób, by każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i czasie przez siebie wybranym, w szczególności za pośrednictwem Internetu.
Autorzy poprzez przesłanie wniosku o publikację:
- Wyrażają zgodę na publikację artykułu w czasopiśmie,
- Wyrażają zgodę na nadanie publikacji DOI (Digital Object Identifier),
- Zobowiązują się do przestrzegania kodeksu etycznego wydawnictwa zgodnego z wytycznymi Komitetu do spraw Etyki Publikacyjnej COPE (ang. Committee on Publication Ethics), (http://ihar.edu.pl/biblioteka_i_wydawnictwa.php),
- Wyrażają zgodę na udostępniane artykułu w formie elektronicznej na mocy licencji CC BY-SA 4.0, w otwartym dostępie (open access),
- Wyrażają zgodę na wysyłanie metadanych artykułu do komercyjnych i niekomercyjnych baz danych indeksujących czasopisma.
Inne teksty tego samego autora
- prof. dr hab. Grzegorz Bartoszewski , Renata Słomnicka, Helena Olczak-Woltman, Aleksandra Korzeniewska, Teresa Gałecka, Karolina Kaźmińska, Katarzyna Niemirowicz-Szczytt, Doskonalenie ogórka (Cucumis sativus L.) pod względem odporności na kanciastą plamistość , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- Karolina Kaźmińska, Aleksandra Korzeniewska, Anna Seroczyńska, Grzegorz Bartoszewski, Katarzyna Niemirowicz-Szczytt, Zmienność wybranych cech ilościowych rekombinacyjnych linii wsobnych dyni olbrzymiej (Cucurbita maxima Duch.) , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 276 (2015): Wydanie regularne
- Karolina Kaźmińska, Aleksandra Korzeniewska, Katarzyna Niemirowicz-Szczytt, Grzegorz Bartoszewski, Zmienność i mapowanie wybranych cech ilościowych związanych z parametrami owoców oraz plonem dyni olbrzymiej (Cucurbita maxima Duchesne) , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 283 (2018): Wydanie specjalne