Identyfikacja markerów SSR przydatnych do konstrukcji mapy genetycznej i mapowania genów odporności na kanciastą plamistość liści ogórka (Cucumis sativus L.)

Renata Słomnicka

skrzynka_ib-kghbr@sggw.edu.pl
Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)

Adrianna Pietluch


Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)

Justyna Łęczycka


Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)

Anna Doraczyńska


Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)

Aleksandra Korzeniewska


Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)

Helena Olczak-Woltman


Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)

Katarzyna Niemirowicz-Szczytt


Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)

Grzegorz Bartoszewski


Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie (Poland)

Abstrakt

W pracy podjęto próbę identyfikacji markerów SSR użytecznych do konstrukcji mapy genetycznej ogórka dla populacji mapującej 110 rekombinacyjnych linii wsobnych (RIL). Populację uzyskano z krzyżowania amerykańskiej linii Gy14 wykazującej tolerancję na bakteryjną kanciastą plamistość z polską linią B10 wrażliwą na tę chorobę. Analiza bioinformatyczna zróżnicowania sekwencji loci mikrosatelitarnych pozwoliła wskazać markery SSR potencjalnie przydatne do mapowania w tej populacji. Wytypowano 222 markery SSR, spośród których 160 przetestowano na liniach rodzicielskich i wybranych RIL. Potwierdzono polimorfizm dla 103 markerów SSR (64,4%), zaś dla 52 z nich wykazano przydatność do konstrukcji mapy genetycznej populacji Gy14 × B10 i mapowania genów odporności na kanciastą plamistość liści ogórka. Wstępnie wskazano, że marker SSR00398 zlokalizowany na chromosomie 5 może być sprzężony z genem odporności na tę chorobę.

Instytucje finansujące

Praca była dofinansowana przez MRiRW

Słowa kluczowe:

Cucumis sativus, kanciasta plamistość ogórka, markery SSR, Pseudomonas syringae pv. lachrymans

Adhikari B. N., Savory E. A., Vaillancourt B., Childs K. L., Hamilton J. P., Day B., Buell C. R. 2012. Expression profiling of Cucumis sativus in response to infection by Pseudoperonospora cubensis. PLoS ONE 7: e34954.
Google Scholar

Benbouza H., Jacquemin J., Baudoin J., Mergeai G. 2006. Optimization of reliable, fast, cheap and sensitive silver staining method to detect SSR markers in polyacrylamide gels. Biotechnol. Agron. Soc. Environ.10: 77 — 81.
Google Scholar

Hammerschmidt R. 1999 a. PHYTOALEXINS: What have we learned after 60 years? Ann. Rev. Phytopathol. 37: 285 — 306.
Google Scholar

Hammerschmidt R. 1999 b. Induced disease resistance: how do induced plants stop pathogens? Physiol. Mol. Plant. Pathol. 55: 77 — 84.
Google Scholar

Huang S., Li R., Zhang Z., Li L., Gu X., Fan W., Lucas W. J., Wang X., Xie B., Ni P., Ren Y., Zhu H., Li J., Lin K., Jin W., Fei Z., Li G., Staub J., Kilian A., van der Vossen E. A., Wu Y., Guo J., He J., Jia Z., Ren Y., Tian G., Lu Y., Ruan J., Qian W., Wang M., Huang Q., Li B., Xuan Z., Cao J., Asan Wu Z., Zhang J., Cai Q., Bai Y., Zhao B., Han Y., Li Y., Li X., Wang S., Shi Q., Liu S., Cho W. K., Kim J. Y., Xu Y., Heller-Uszynska K., Miao H., Cheng Z., Zhang S., Wu J., Yang Y., Kang H., Li M., Liang H., Ren X., Shi Z., Wen M., Jian M., Yang H., Zhang G., Yang Z., Chen R., Liu S., Li J., Ma L., Liu H., Zhou Y., Zhao J., Fang X., Li G., Fang L., Li Y., Liu D., Zheng H., Zhang Y., Qin N., Li Z., Yang G., Yang S., Bolund L., Kristiansen K., Zheng H., Li S., Zhang X., Yang H., Wang J., Sun R., Zhang B., Jiang S., Wang J., Du Y., Li S. 2009. The genome of the cucumber, Cucumis sativus L. Nat. Genet. 41: 1275 — 1281.
Google Scholar

Jenkins S. F., Wehner T. C. 1983. A system for the measurement of foliar diseases of cucumber. Cucurbit Genet. Coop. Rep. 6: 10 — 12.
Google Scholar

Lough T. J., Lucas W. J. 2006. Integrative plant biology: role of phloem long distance macromolecular trafficking. Ann. Rev. Plant Biol. 57: 203 — 232.
Google Scholar

Malepszy S., Niemirowicz-Szczytt K. 1991. Sex determination in cucumber (Cucumis sativus) as a model system for molecular biology. Plant Sci. 80: 39 — 47.
Google Scholar

Miao H., Zhang S., Wang X., Zhang Z., Li M., Mu S., Cheng Z., Zhang R., Huang S., Xie B., Fang Z., Zhang Z., Weng Y., Gu X. 2011. A linkage map of cultivated cucumber (Cucumis sativus L.) with 248 microsatellite marker loci and seven genes for horticulturally important traits. Euphytica 182: 167 — 176.
Google Scholar

Olczak-Woltman H., Gałecka T., Korzeniewska A., Niemirowicz-Szczytt K. 2007. Odporność linii DH ogórka na bakteryjną kanciastą plamistość. Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych 517: 527 — 532.
Google Scholar

Olczak-Woltman H., Schollenberger M., Mądry W., Niemirowicz-Szczytt K. 2008. Evaluation of cucumber (Cucumis sativus) cultivars grown in Eastern Europe and progress in breeding for resistance to angular leaf spot (Pseudomonas syringae pv. lachrymans). Eur J. Plant Pathol. 122: 385 — 393.
Google Scholar

Olczak-Woltman H., Bartoszewski G., Mądry W., Niemirowicz-Szczytt K. 2009. Inheritance of resistance to angular leaf spot (Pseudomonas syringae pv. lachrymans) in cucumber and identification of molecular markers linked to resistance. Plant Pathol. 58: 145 — 151.
Google Scholar

Pillen K., Binder A., Kreuzkam B., Ramsay L., Waugh R., Förster J., Léon J. 2000. Mapping new EMBL-derived barley microsatellites and their use in differentiating German barley cultivars. Theor. Appl. Genet. 101: 652 — 660.
Google Scholar

Ren Y., Zhang Z., Liu J., Staub J. E., Han Y., Cheng Z., Li X., Lu J., Miao H., Kang H., Xie B., Gu X., Wang X., Du Y., Jin W., Huang S. 2009. An integrated genetic and cytogenetic map of the cucumber genome. PLoS ONE 4: e5795.
Google Scholar

Tanurdzic M., Banks J. A. 2004. Sex-determining mechanisms in land plants. Plant Cell 16 Suppl.: S61 — 71.
Google Scholar

Wan H., Yuan W., Bo K., Shen J., Pang X., Chen J. 2013. Genome-wide analysis of NBS-encoding disease resistance genes in Cucumis sativus and phylogenetic study of NBS-encoding genes in Cucurbitaceae crops. BMC Genomics 14: 109.
Google Scholar

Wóycicki R., Witkowicz J., Gawroński P., Dąbrowska J., Lomsadze A., Pawełkowicz M., Siedlecka E., Kohei Yagi, Pląder W., Seroczyńska A., Śmiech M., Gutman W., Niemirowicz-Szczytt K., Bartoszewski G., Norikazu Tagashira, Yoshikazu Hoshi, Borodovsky M., Karpiński S., Malepszy S., Przybecki Z. 2011. The genome sequence of the North-European cucumber (Cucumis sativus L.) unravels evolutionary adaptation mechanisms in plants. PLoS ONE 6: e22728.
Google Scholar

Yang L., Koo D.H., Li Y., Zhang X., Luan F., Havey M. J., Jiang J., Weng Y. 2012. Chromosome rearrangements during domestication of cucumber as revealed by high-density genetic mapping and draft genome assembly. Plant J 71: 895 — 906.
Google Scholar

Yang L., Dawei L., Yuhong L., Xingfang G., Sanwen H., Garcia-Mas J., Weng Y. 2013. A 1,681-locus consensus genetic map of cultivated cucumber including 67 NB-LRR resistance gene homolog and ten gene loci. BMC Plant Biol. 13: 53.
Google Scholar

Pobierz


Opublikowane
06/30/2015

Cited By / Share

Słomnicka, R. (2015) „Identyfikacja markerów SSR przydatnych do konstrukcji mapy genetycznej i mapowania genów odporności na kanciastą plamistość liści ogórka (Cucumis sativus L.)”, Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin, (276), s. 93–103. doi: 10.37317/biul-2015-0022.

Autorzy

Renata Słomnicka 
skrzynka_ib-kghbr@sggw.edu.pl
Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland

Autorzy

Adrianna Pietluch 

Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland

Autorzy

Justyna Łęczycka 

Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland

Autorzy

Anna Doraczyńska 

Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland

Autorzy

Aleksandra Korzeniewska 

Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland

Autorzy

Helena Olczak-Woltman 

Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland

Autorzy

Katarzyna Niemirowicz-Szczytt 

Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland

Autorzy

Grzegorz Bartoszewski 

Katedra Genetyki Hodowli i Biotechnologii Roślin, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie Poland

Statystyki

Abstract views: 49
PDF downloads: 59


Licencja

Prawa autorskie (c) 2015 Renata Słomnicka, Adrianna Pietluch, Justyna Łęczycka, Anna Doraczyńska, Aleksandra Korzeniewska, Helena Olczak-Woltman, Katarzyna Niemirowicz-Szczytt, Grzegorz Bartoszewski

Creative Commons License

Utwór dostępny jest na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa – Na tych samych warunkach 4.0 Miedzynarodowe.

Z chwilą przekazania artykułu, Autorzy udzielają Wydawcy niewyłącznej i nieodpłatnej licencji na korzystanie z artykułu przez czas nieokreślony na terytorium całego świata na następujących polach eksploatacji:

  1. Wytwarzanie i zwielokrotnianie określoną techniką egzemplarzy artykułu, w tym techniką drukarską oraz techniką cyfrową.
  2. Wprowadzanie do obrotu, użyczenie lub najem oryginału albo egzemplarzy artykułu.
  3. Publiczne wykonanie, wystawienie, wyświetlenie, odtworzenie oraz nadawanie i reemitowanie, a także publiczne udostępnianie artykułu w taki sposób, aby każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i w czasie przez siebie wybranym.
  4. Włączenie artykułu w skład utworu zbiorowego.
  5. Wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej na platformy elektroniczne lub inne wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej do Internetu, lub innej sieci.
  6. Rozpowszechnianie artykułu w postaci elektronicznej w internecie lub innej sieci, w pracy zbiorowej jak również samodzielnie.
  7. Udostępnianie artykułu w wersji elektronicznej w taki sposób, by każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i czasie przez siebie wybranym, w szczególności za pośrednictwem Internetu.

Autorzy poprzez przesłanie wniosku o publikację:

  1. Wyrażają zgodę na publikację artykułu w czasopiśmie,
  2. Wyrażają zgodę na nadanie publikacji DOI (Digital Object Identifier),
  3. Zobowiązują się do przestrzegania kodeksu etycznego wydawnictwa zgodnego z wytycznymi Komitetu do spraw Etyki Publikacyjnej COPE (ang. Committee on Publication Ethics), (http://ihar.edu.pl/biblioteka_i_wydawnictwa.php),
  4. Wyrażają zgodę na udostępniane artykułu w formie elektronicznej na mocy licencji CC BY-SA 4.0, w otwartym dostępie (open access),
  5. Wyrażają zgodę na wysyłanie metadanych artykułu do komercyjnych i niekomercyjnych baz danych indeksujących czasopisma.

Inne teksty tego samego autora