Poszukiwanie regionów DNA sprzężonych z tolerancją wegetatywnych podkładek jabłoni na niskie temperatury poprzez analizę transkryptomu i ocenę stopnia polimorfizmu genów kandydujących
dr Sylwia Keller-Przybyłkowicz
sylwia.keller@inhort.plInstytut Ogrodnictwa w Skierniewicach (Poland)
Mariusz Lewandowski
Instytut Ogrodnictwa w Skierniewicach (Poland)
Małgorzata Korbin
Instytut Ogrodnictwa w Skierniewicach (Poland)
Instytucje finansujące
Prace zostały wykonane w ramach badań podstawowych na rzecz postępu biologicznego w produkcji roślinnej na podstawie decyzji Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi nr HOR.hn.802.20.2018, Zadanie 73.
Słowa kluczowe:
adnotacja, EST, jabłoń, qPCR, RNAseq, sekwencjonowanie NGS, transkryptomBibliografia
Bai Y., Dougherty L., Xu K. 2014. Towards an improved apple reference transcriptome using RNA-seq. Mol. Genet Genomics, vol. 289: 427 — 438.
Imelfort M., Edwards D. 2009. De novo sequencing of plant genomes using second-generation technologies. Briefings in Bioinformatics, Vol. 10, Issue 6: 609 — 618
Velasco R., Zharkikh A., Affourtit J., Dhingra A., Cestaro A., Kalyanaraman A., Fontana P., Bhatnagar S.K., Troggio M., Pruss D., Salvi S., Pindo M., Baldi P., Castelletti S., Cavaiuolo M., Coppola G., Costa F., Cova V., Dal Ri A., Goremykin V., Komjanc M., Longhi S., Magnago P., Malacarne G., Malnoy M., Micheletti D., Moretto M., Perazzolli M., Si-Ammour A., Vezzulli S., Zini E., Eldredge G., Fitzgerald L.M., Gutin N., Lanchbury J., Macalma T., Mitchell J.T., Reid J., Wardell B., Kodira C., Chen Z., Desany B., Niazi F., Palmer M., Koepke T., Jiwan D., Schaeffer S., Krishnan V., Wu C., Chu V.T., King S. T., Vick J., Tao Q., Mraz A., Stormo A., Stormo K., Bogden R., Ederle D., Stella A., Vecchietti A., Kater M. M., Masiero S., Lasserre P., Lespinasse Y., Allan A. C., Bus V., Chagné D., Crowhurst R. N., Gleave A. P., Lavezzo E., Fawcett J.A., Proost S., Rouzé P., Sterck L., Toppo S., Lazzari B., Hellens R. P., Durel C. E., Gutin A., Bumgarner R. E., Gardiner S.E., Skolnick M., Egholm M., Van de Peer Y., Salamini F., Viola R. 2010. The genome of the domesticated apple (Malus × domestica Borkh.). Nature Genetics 42 (10): 833 — 841, DOI:10.1038/ng.654.
Xu. 2010. The Apple genome: A delicious promise. New York Fruit Quarterly, 18 (4).
Żurawicz E., Lewandowski M. 2014. Controlled Freezing as a Low-Temperature Tolerance Test for Apple Rootstocks. Acta Horticulture 1058: 451 — 456. Google Scholar
Imelfort M., Edwards D. 2009. De novo sequencing of plant genomes using second-generation technologies. Briefings in Bioinformatics, Vol. 10, Issue 6: 609 — 618
Velasco R., Zharkikh A., Affourtit J., Dhingra A., Cestaro A., Kalyanaraman A., Fontana P., Bhatnagar S.K., Troggio M., Pruss D., Salvi S., Pindo M., Baldi P., Castelletti S., Cavaiuolo M., Coppola G., Costa F., Cova V., Dal Ri A., Goremykin V., Komjanc M., Longhi S., Magnago P., Malacarne G., Malnoy M., Micheletti D., Moretto M., Perazzolli M., Si-Ammour A., Vezzulli S., Zini E., Eldredge G., Fitzgerald L.M., Gutin N., Lanchbury J., Macalma T., Mitchell J.T., Reid J., Wardell B., Kodira C., Chen Z., Desany B., Niazi F., Palmer M., Koepke T., Jiwan D., Schaeffer S., Krishnan V., Wu C., Chu V.T., King S. T., Vick J., Tao Q., Mraz A., Stormo A., Stormo K., Bogden R., Ederle D., Stella A., Vecchietti A., Kater M. M., Masiero S., Lasserre P., Lespinasse Y., Allan A. C., Bus V., Chagné D., Crowhurst R. N., Gleave A. P., Lavezzo E., Fawcett J.A., Proost S., Rouzé P., Sterck L., Toppo S., Lazzari B., Hellens R. P., Durel C. E., Gutin A., Bumgarner R. E., Gardiner S.E., Skolnick M., Egholm M., Van de Peer Y., Salamini F., Viola R. 2010. The genome of the domesticated apple (Malus × domestica Borkh.). Nature Genetics 42 (10): 833 — 841, DOI:10.1038/ng.654.
Xu. 2010. The Apple genome: A delicious promise. New York Fruit Quarterly, 18 (4).
Żurawicz E., Lewandowski M. 2014. Controlled Freezing as a Low-Temperature Tolerance Test for Apple Rootstocks. Acta Horticulture 1058: 451 — 456. Google Scholar
Keller-Przybyłkowicz, S. ., Lewandowski, M. . i Korbin, M. . (2019) „Poszukiwanie regionów DNA sprzężonych z tolerancją wegetatywnych podkładek jabłoni na niskie temperatury poprzez analizę transkryptomu i ocenę stopnia polimorfizmu genów kandydujących”, Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin, (286), s. 415–418. doi: 10.37317/biul-2019-0092.
Autorzy
dr Sylwia Keller-Przybyłkowiczsylwia.keller@inhort.pl
Instytut Ogrodnictwa w Skierniewicach Poland
Autorzy
Mariusz LewandowskiInstytut Ogrodnictwa w Skierniewicach Poland
Autorzy
Małgorzata KorbinInstytut Ogrodnictwa w Skierniewicach Poland
Statystyki
Abstract views: 182PDF downloads: 171
Licencja
Utwór dostępny jest na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa – Na tych samych warunkach 4.0 Miedzynarodowe.
Z chwilą przekazania artykułu, Autorzy udzielają Wydawcy niewyłącznej i nieodpłatnej licencji na korzystanie z artykułu przez czas nieokreślony na terytorium całego świata na następujących polach eksploatacji:
- Wytwarzanie i zwielokrotnianie określoną techniką egzemplarzy artykułu, w tym techniką drukarską oraz techniką cyfrową.
- Wprowadzanie do obrotu, użyczenie lub najem oryginału albo egzemplarzy artykułu.
- Publiczne wykonanie, wystawienie, wyświetlenie, odtworzenie oraz nadawanie i reemitowanie, a także publiczne udostępnianie artykułu w taki sposób, aby każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i w czasie przez siebie wybranym.
- Włączenie artykułu w skład utworu zbiorowego.
- Wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej na platformy elektroniczne lub inne wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej do Internetu, lub innej sieci.
- Rozpowszechnianie artykułu w postaci elektronicznej w internecie lub innej sieci, w pracy zbiorowej jak również samodzielnie.
- Udostępnianie artykułu w wersji elektronicznej w taki sposób, by każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i czasie przez siebie wybranym, w szczególności za pośrednictwem Internetu.
Autorzy poprzez przesłanie wniosku o publikację:
- Wyrażają zgodę na publikację artykułu w czasopiśmie,
- Wyrażają zgodę na nadanie publikacji DOI (Digital Object Identifier),
- Zobowiązują się do przestrzegania kodeksu etycznego wydawnictwa zgodnego z wytycznymi Komitetu do spraw Etyki Publikacyjnej COPE (ang. Committee on Publication Ethics), (http://ihar.edu.pl/biblioteka_i_wydawnictwa.php),
- Wyrażają zgodę na udostępniane artykułu w formie elektronicznej na mocy licencji CC BY-SA 4.0, w otwartym dostępie (open access),
- Wyrażają zgodę na wysyłanie metadanych artykułu do komercyjnych i niekomercyjnych baz danych indeksujących czasopisma.
Inne teksty tego samego autora
- Mariusz Lewandowski, Sylwia Keller-Przybyłkowicz, Wartość hodowlana wybranych odmian jabłoni (Malus domestica) pod względem odporności na parcha i mączniaka jabłoni , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 291 (2020): Wydanie specjalne
- Sylwia Keller-Przybyłkowicz, Mariusz Lewandowski, Ocena zmian profilu ekspresji genów kandydujących w podkładkach jabłoni o odmiennym stopniu tolerancji mrozowej , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 291 (2020): Wydanie specjalne
- Sylwia Keller-Przybyłkowicz, Agnieszka Masny, Bogusława Idczak, Krystyna Strączyńska, Abdelrahmen Mostafa Abdelwahab Mohamed, Przygotowanie populacji mapującej uzyskanej ze skrzyżowania odmian ‘Elsanta’ i ‘Senga Sengana’ dla analizy regionów QTL sprzężonych z wybranymi cechami użytkowymi gatunku Fragaria. , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 291 (2020): Wydanie specjalne
- dr inż. Mariusz Lewandowski , Sylwia Keller-Przybyłkowicz, Małgorzata Korbin, Edward Żurawicz, Analiza genetyczna i molekularna wybranych genotypów jabłoni (Malus domestica) dla skrócenia okresu juwenilnego i poprawy jakości owoców , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- dr Bogumiła Badek , Stanisław Pluta, Małgorzata Korbin, Charakterystyka markerów molekularnych, sprzężonych z odpornością na wielkopąkowca porzeczkowego (Cecidophyopsis ribis) , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- prof. dr hab. Małgorzata Korbin , Sylwia Keller-Przybyłkowicz, Agnieszka Masny, Bogusława Idczak, Krystyna Strączyńska, Badania nad saturacją mapy genetycznej ‘Elsanta’ × ‘Senga Sengana’ pod kątem lokalizacji genów sprzężonych z ważnymi cechami użytkowymi truskawki (Fragaria × ananassa) , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- dr inż. Agnieszka , Monika Mieszczakowska-Frąc, Anita Kuras, Edward Żurawicz, Małgorzata Korbin, Badania nad możliwością zwiększenia zawartości składników bioaktywnych w owocach truskawki na drodze hybrydyzacji wewnątrz- i międzygatunkowej w obrębie rodzaju Fragaria , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
- mgr inż. Marek Szymajda , Bogusława Idczak, Anita Kuras, Małgorzata Korbin, Edward Żurawicz, Hybrydyzacja oddalona gatunków Prunus cerasifera (ałycza), Prunus armeniaca (morela), Prunus salicina (śliwa japońska), Prunus domestica (śliwa domowa) w celu zwiększenia bioróżnorodności genetycznej w obrębie rodzaju Prunus , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 286 (2019): Wydanie specjalne
