Zastosowanie techniki AFLP w połączeniu z BSA do identyfikacji markerów sprzężonych z cechą karłowatości u żyta
Helena Kubicka
sekretariat@ob.pan.plOgród Botaniczny — Centrum Zachowania Różnorodności Biologicznej PAN, Warszawa (Poland)
Renata Lewandowska
Ogród Botaniczny — Centrum Zachowania Różnorodności Biologicznej PAN, Warszawa (Poland)
Abstrakt
W pracy zastosowano technikę AFLP w połączeniu z metodą BSA do poszukiwania markerów sprzężonych z recesywnym genem karłowatości ds1 u żyta. Zidentyfikowano ponad 22 tysiące fragmentów DNA różnicujących linie wsobne o skrajnych fenotypach (8/40K — karłowa i 8/40N — kontrola) oraz pokolenie segregujące DWSK-1 F2. Wykorzystano 239 par selektywnych starterów dla restryktaz EcoRI/MseI. Następnie analizowano obecność wspólnych fragmentów różnicujących dla badanych form rodzicielskich i potomstwa F2 oraz form rodzicielskich populacji mapującej DS2 i RXL10, co ograniczyło liczbę użytych par starterów do 68. Kolejna analiza na zawężonej populacji segregującej (DWSK-1 F2) składającej się z 21 roślin, zredukowała liczbę par starterów do 51. Otrzymano 88 fragmentów polimorficznych sprzężonych z genem karłowatości segregujących w stosunku 3:1 dla χ2 = 0,50 przy p = 0,01, które ponownie przetestowano dla 15 par starterów na populacji mapującej. Dla 13 różnicujących prążków, stwierdzono segregację 3:1 i na tej podstawie uznano je za markery dominujące AFLP związane z badaną cechą karłowatości u żyta. W przyszłości zidentyfikowane markery AFLP zostaną przetestowane na rozszerzonej populacji segregującej, celem przeniesienia ich na istniejącą mapę genetyczną żyta.
Słowa kluczowe:
AFLP, BSA, karłowatość, markery molekularne, żytoBibliografia
Bednarek P. T., Kubicka H., Zawada M., Brukwiński W. 1999. Zastosowanie markerów AFLP do badania zmienności genetycznej w obrębie form rodzicielskich mieszańca heterozyjnego żyta otrzymanego na bazie cytoplazmy PAMPA. Biul. IHAR 211: 229 — 237.
Google Scholar
Bednarek P. T., Kubicka H., Zawada M., Brukwiński W. 2000. Analiza zestawów pseudosegregantów pokolenia F1 mieszańca heterozyjnego żyta (cms PAMPA) wykonana techniką AFLP. Biul. IHAR 216: 101 — 109.
Google Scholar
Cho Y. G., McCough S. R., Kuiper M., Kang M. R., Pot J., Groenen J. T. M., Eun M. Y. 1998. Integrated map of AFLP, SSLP and RFLP markers using a recombinant inbred population of rice (Oryza sativa L.). Theor. Appl. Genet., 97: 370 – 380.
DOI: https://doi.org/10.1007/s001220050907
Google Scholar
Deniziak M., Barciszewski J. 1995. Diagnostyka molekularna roślin. Post. Biol. Kom. Supl., 6: 1 — 12.
Google Scholar
Gupta P. K., Varshney R. K., Sharma P. C., Ramesh B. 1999. Molecular markers and their applications in wheat breeding. Plant Breeding 118: 369 — 390.
DOI: https://doi.org/10.1046/j.1439-0523.1999.00401.x
Google Scholar
Han T. H., van Eck H. J., De Jen M. J., Jacobsen E. 1999. Optimalization of AFLP fingerprinting of organisms with a large — sized genome: a study of Alstroemeria ssp. Theor. Appl. Genet. 98: 465 — 471.
DOI: https://doi.org/10.1007/s001220051093
Google Scholar
Hayes A. J., Shaghai Maroof M. A. 2000. Targeted resistance gene mapping in soybean using modified AFLPs. Theor. Appl. Genet. 100: 1279 — 1283.
DOI: https://doi.org/10.1007/s001220051435
Google Scholar
Jeuken M, Wijk R van, Peleman J, Lindhout P. 2001. An integrated interspecific AFLP map of lettuce (Lactuca) based on two L. sativa × L. satinga F2 populations. Theor. Appl. Genet., 103: 638 — 647.
DOI: https://doi.org/10.1007/s001220100657
Google Scholar
Kubicka H. Bednarek P. T., Lewandowska R. 2001. Searching potential molecular AFLP markers of the recessive gene (ds1) of dwarfness in winter rye (Secale cereale L.). Obieg pierwiastków w przyrodzie. Monografia t. 1: 387 — 392.
Google Scholar
Michelmore R. W., Paran I., Kesseli R. V. 1991. Identification of markers linked to disease — resistance genes by bulk segregant analysis: a rapid method to detect markers in specific genomic regions by using segregating populations. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88: 9828 — 9832.
DOI: https://doi.org/10.1073/pnas.88.21.9828
Google Scholar
Ouedraogo J. T., Maheshwari V., Berner D. K., St-Pierre C. A., Belzile F., Timko M. P. 2001. Identification of AFLP markers linked to resistance of cowpea (Vigna unguiculata L.) to parasitism by Striga gesnerioides. Theor. Appl. Genet., 102: 1029 — 1036.
DOI: https://doi.org/10.1007/s001220000499
Google Scholar
Schwarz G., Herz M., Huang X. Q., Michałek W., Jahoor A., Wenzel G., Mohler V. 2000. Application of fluorescence-based semi-automated AFLP analysis in barley and wheat. Theor. Appl. Genet., 100: 545 — 551.
DOI: https://doi.org/10.1007/s001220050071
Google Scholar
Wolko B., Irzykowska I., Święcicki W.K. 1999. AFLP i SSR – systemy markerowe przydatne w hodowli roślin. Post. Nauk. Rol. 2: 59 — 71.
Google Scholar
Vos O., Hogers R., Reijans M., van de Lee T., Hornes M., Frijters A., Pot J., Peleman J., Kupier M., Zabeau M. 1995. AFLP a new technique for DNA fingerprinting. Nucl. Acids Res., 23: 4407 — 4414.
DOI: https://doi.org/10.1093/nar/23.21.4407
Google Scholar
Autorzy
Helena Kubickasekretariat@ob.pan.pl
Ogród Botaniczny — Centrum Zachowania Różnorodności Biologicznej PAN, Warszawa Poland
Autorzy
Renata LewandowskaOgród Botaniczny — Centrum Zachowania Różnorodności Biologicznej PAN, Warszawa Poland
Statystyki
Abstract views: 66PDF downloads: 18
Licencja
Prawa autorskie (c) 2003 Helena Kubicka, Renata Lewandowska
Utwór dostępny jest na licencji Creative Commons Uznanie autorstwa – Na tych samych warunkach 4.0 Miedzynarodowe.
Z chwilą przekazania artykułu, Autorzy udzielają Wydawcy niewyłącznej i nieodpłatnej licencji na korzystanie z artykułu przez czas nieokreślony na terytorium całego świata na następujących polach eksploatacji:
- Wytwarzanie i zwielokrotnianie określoną techniką egzemplarzy artykułu, w tym techniką drukarską oraz techniką cyfrową.
- Wprowadzanie do obrotu, użyczenie lub najem oryginału albo egzemplarzy artykułu.
- Publiczne wykonanie, wystawienie, wyświetlenie, odtworzenie oraz nadawanie i reemitowanie, a także publiczne udostępnianie artykułu w taki sposób, aby każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i w czasie przez siebie wybranym.
- Włączenie artykułu w skład utworu zbiorowego.
- Wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej na platformy elektroniczne lub inne wprowadzanie artykułu w postaci elektronicznej do Internetu, lub innej sieci.
- Rozpowszechnianie artykułu w postaci elektronicznej w internecie lub innej sieci, w pracy zbiorowej jak również samodzielnie.
- Udostępnianie artykułu w wersji elektronicznej w taki sposób, by każdy mógł mieć do niego dostęp w miejscu i czasie przez siebie wybranym, w szczególności za pośrednictwem Internetu.
Autorzy poprzez przesłanie wniosku o publikację:
- Wyrażają zgodę na publikację artykułu w czasopiśmie,
- Wyrażają zgodę na nadanie publikacji DOI (Digital Object Identifier),
- Zobowiązują się do przestrzegania kodeksu etycznego wydawnictwa zgodnego z wytycznymi Komitetu do spraw Etyki Publikacyjnej COPE (ang. Committee on Publication Ethics), (http://ihar.edu.pl/biblioteka_i_wydawnictwa.php),
- Wyrażają zgodę na udostępniane artykułu w formie elektronicznej na mocy licencji CC BY-SA 4.0, w otwartym dostępie (open access),
- Wyrażają zgodę na wysyłanie metadanych artykułu do komercyjnych i niekomercyjnych baz danych indeksujących czasopisma.
Inne teksty tego samego autora
- Helena Kubicka, Dariusz Gozdowski, Jerzy Puchalski, Wiesław Łuczak, Wielocechowa ocena zróżnicowania form lokalnych żyta o różnym pochodzeniu geograficznym pod względem cech morfologicznych i użytkowych , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 264 (2012): Wydanie regularne
- Dorota Dec, Helena Kubicka, Marlena Koprowicz, Wpływ zasolenia na kiełkowanie i wzrost siewek linii wsobnych żyta ozimego , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 226/227 (2003): Wydanie regularne
- Helena Kubicka, Jerzy Puchalski, Maciej Niedzielski, Wiesław Łuczak, Anna Martyniszyn, Gromadzenie i ocena zasobów genowych żyta , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 240/241 (2006): Wydanie regularne
- Dorota Dec, Helena Kubicka, Zawartość wybranych pierwiastków w siewkach żyta rosnących w warunkach stresu solnego w kulturach wodnych , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 235 (2005): Wydanie regularne
- Małgorzata Zawada, Helena Kubicka, Alicja Komar, Wzrost siewek wybranych odmian żyta ozimego (Secale cereale L.) po traktowaniu jonami glinu , Biuletyn Instytutu Hodowli i Aklimatyzacji Roślin: Nr 226/227 (2003): Wydanie regularne
